These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4726#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 490 fasta sequence [GAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGGTGAGTGTCACAATTGTATGTGTGTTTGGGAGTATTTGTGATATGAAGATGTATGTAGTTGTGTAGTGAGGTGTTGGTTTTGTTGAGTGAGTTGTTGTTAAGTGGTTTGTGTGTGAATTATCCTGGATCGACTGTTAGCCACATTGTGTATTATAGTGGTCTAATTCTGAAATCCAGGTAAATAATTGGCACTGGGGTGAATTGTCCACTGACTGGTCTCACAGTTAGTGGTTTTTGTTGTTTTGAGAATCGTGCCTAGATGATGGATTAGTGAGGTGCGATACTACTAGTTGATAGGACGTTGAGCCATATTGTTTGTGATGAACAGACTGTGATGTGGTAGTGGTCTAGTGTGATGTTTCCGTGGTTATTATTATTGTTACTATTCATATTAATATCGATACTATTAGTT] [+] EMBL CD113304 [GAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGGTGAGTGTCACAATTGTATGTGTGTTTGGGAGTATTTGTGATATGAAGATGTATGTAGTTGTGTAGTGAGGTGTTGGTTTTGTTGAGTGAGTTGTTGTTAAGTGGTTTGTGTGTGAATTATCCTGGATCGACTGTTAGCCACATTGTGTATTATAGTGGTCTAATTCTGAAATCCAGGTAAATAATTGGCACTGGGGTGAATTGTCCACTGACTGGTCTCACAGTTAGTGGTTTTTGTTGTTTTGAGAATCGTGCCTAGATGATGGATTAGTGAGGTGCGATACTACTAGTTGATAGGACGTTGAGCCATATTGTTTGTGATGAACAGACTGTGATGTGGTAGTGGTCTAGTGTGATGTTTCCGTGGTTATTATTATTGTTACTATTCATATTAATA ] [+] EMBL CD088638 [ CAGGTAAATAATTGGCACTGGGGTGAATTGTCCACTGACTGGTCTCACAGTTAGTGGTTTTTGTTGTTTTGAGAATCGTGCCTAGATGACGGATTAGTGAGGTGCGATACTACTAGTTGGTAGGACGTTGAGCCATATTGTTTGTGATGAACAGACTGTGATGTGGTAGTGGTCTAGTGTGATGTTTCCGTCGTTATTATTATTGTTATTATTCATATTAATATCGATACTATTAGTT] consensusID : consensus_4726#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 452 fasta sequence [TGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAAGAATGAGTAAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAAAATCGATGTATTGACTTGTTGTTGGTGTATTTGGCGAAGTGGTGTTGTGCGCTATAGTTAAGGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAAAATCGATGTAAATGAATCGTTG] [+] EMBL CD166413 [TGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAAGAATGAGTAAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAAAATCGATGTATTGACTTGTTGTTGGTGTATTTGGCGAAGTGGTGTTGTGCGCTATAGTTAAGGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGAGTTAAAATCGATGTAAATGAATCGTTG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4726#0 GAAGAATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTT 60 consensus_4726#1 ---------------------------------------------TGGTTTTGGTGATTT 15 *************** consensus_4726#0 GTTGACGAGTTAGAATCGGTGAGTGTCACAATTGTATGTGTGTTTGGGAGTATTTGTGAT 120 consensus_4726#1 GTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCG-----ATATGTGGA 70 ****************** ** * * * ** ** * * ** **** consensus_4726#0 ATGAAGATGTATGTAGTTGTGT-AGTGAGGTGTTGGTTTTGTTGAGTGAGTTGTTGTTAA 179 consensus_4726#1 GTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGACGA-GTTA---GAATCGATGT-AA 125 * ** *** * * ** * **** ***** *** ** * * *** ** consensus_4726#0 GTGGTTTGTGTGTGAATTATCC-TGGATCGACTGTTAGCCACATTGTGTA-TTATAGTGG 237 consensus_4726#1 ATGAAGAATGAGTAAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCG-ATGGAATGGTTTTGGTGA 184 ** ** ** ** ** * * ** * * * ** * * ** * *** consensus_4726#0 TCTAATTCTGAAATCCAGGTAA-ATAATTGGCACTGGGGTGAATTGTCCACTGACTGGTC 296 consensus_4726#1 TTTGTTGACGAGTTAGAATCGATGTAAATGAAGAATGAGTGAACCGTCGA-TATGTGGAG 243 * * * ** * * * *** ** * ***** *** * * *** consensus_4726#0 TCACAGTTAGTGGT----TTTTGTTGTTTTGAGAATCGTGCCTAGAT-GATGGATTAGTG 351 consensus_4726#1 TTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTGA-CGAGTTAAAATCGATGTATTGACT 302 * ** * *** ***** ** **** * ** * * ** **** *** consensus_4726#0 AGGTGCGATACTACTAGTTGATAGGACGTTGAGCCATATTGTTTGTGATGAACAGACTGT 411 consensus_4726#1 TGTTGTTGGTGTATTTGGCGAAGTGGTGTTGTGCGCTATAGTTAAGGATGTAAATGAAG- 361 * ** ** * * ** * **** ** *** *** **** * * * consensus_4726#0 GATGTGGTAGTGGTCTA-GTGTGATGTTTCCGTGGTTATTATTATTGTTACTATTCAT-- 468 consensus_4726#1 AATGAGTGAACCGTCGATATGTGGAGTTGCAATCGATGGAATGGTTTTGGTGATTTGTTG 421 *** * * *** * **** *** * * * * ** ** * *** * consensus_4726#0 ----ATTAATATCGATACTATTAGTT----- 490 consensus_4726#1 ACGAGTTAAAATCGATGTAAATGAATCGTTG 452 **** ****** * * * |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||