These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4890#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 280 fasta sequence [AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCCTTGGTATTGAATTATACCTTTTGCCTCTTTATAGTTTCAWTTCCYTTGATTTTATTTTTTCCCTATCCCTCCACCTAGTTTAATGTTTCGGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTTCACTGTTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTATTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGCCCCCAAATGTCCTGGTACGGTTAAGAGTGAGGAGAGTCCCC] [+] EMBL SM1247320 [AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCCTTGGTATTGAATTATACCTTTTGCCTCTTTATAGTTTCAWTTCCYTTGATTTTATTTTTTCCCTATCCCTCCACCTAGTTTAATGTTTCGGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTTCACTGTTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTATTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGCCCCCAAATGTCCTGGTACGGTTAAGAGTGAGGAGAGTCCCC] consensusID : consensus_4890#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 258 fasta sequence [AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTTGTATGATTATACTTTGCTCTTATAGTTCATTCCTTGATTTATTTTTCCTATCCTCACTAGTTAATGTTCGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTCACTGTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTATTTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAG--CCCCAAATGTCCTGGTACGGCCAAGAGTTAGGAGAGTCCCC] [+] EMBL SMLRAP038 [AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTTGTATGATTATACTTTGCTCTTATAGTTCATTCCTTGATTTATTTTTCCTATCCTCACTAGTTAATGTTCGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTCACTGTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTATTTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAG CCCCAAATGTCCTGGTACGGCCAAGAGTTAGGAGAGTCCC ] [+] EMBL BE519397 [ ATCACAGTATGAGACG CCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTTGTATGATTATACTTTGCTCTTATAGTTCATTCCTTGATTTATTTTTCCTATCCTCACTAGTTAATGTTCGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTYTTCACTGTTTAATAAACTGTATTATTAATTGTTTA TTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGRAGGCCCCCAAATGT CYGGTACGGGCAAGAGTTAGGAGAGTTCCC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4890#0 AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCCTTGGTATTGAAT 60 consensus_4890#1 AATCACAGTATGAGACGCCCAACATCACATTAACTCTTGTTTACACCTT--GTAT--GAT 56 *********************************************** * **** ** consensus_4890#0 TATACCTTTTGCCTCTTTATAGTTTCAWTTCCYTTGATTTTATTTTTTCCCTATCCCTCC 120 consensus_4890#1 TATAC--TTTGCTC--TTATAGTT-CATT--CCTTGATTTA---TTTTTCCTATCCTCA- 105 ***** ***** ******** ** * * ******* **** ******* consensus_4890#0 ACCTAGTTTAATGTTTCGGGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTTTCACTGTTTTAATA 180 consensus_4890#1 --CTAGTT-AATGTTC--GGTATGTTATTTATGTATTCCTTTTTTT-CACTGTTT-AATA 158 ****** ****** **************************** ******** **** consensus_4890#0 AACTGTATTATTAATTGTTTATTTT-GTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGC 239 consensus_4890#1 AACTGTATTATTAATTGTTTATTTTTGTATATCAACAGTGTTAATTTATGTTTTAGAAGC 218 ************************* ********************************** consensus_4890#0 CCCCAAATGTCCTGGTACGGTTAAGAGTGAGGAGAGTCCCC 280 consensus_4890#1 CCC-AAATGTCCTGGTACGGCCAAGAGTTAGGAGAGTCCCC 258 *** **************** ****** ************ |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||