cluster # 5371

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 5371 cluster # 5371 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5371#0 length = 485 sequences # 1

consensus_5371#1 length = 465 sequences # 2

consensusID : consensus_5371#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 485
fasta sequence

                              [CACTAGTGATTAATAATTATGAGAATTAAATTTATCAATTAGTGTATTATTACCTAATATTTTAACCGAATTACGATCAGTTAACCGTTTACACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTCATTTTGACATGAAATAATGTGTGGGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTTATTTGTTACGCTTCAGTTCTATTCAACTTGTTATATGGGGATGTATTTTTGTTTGGACACTTCGCATTATCCGTTGTTCTTTAATCCAATTTTTTTGTGACTAACTTGATCTCGTGATATATTGAAATGTCTATTATCATCAAATCAGATAATATTTCGGAAAAAAATTATTTATTCAGATTTATTTATAGGTGTTGTGGTTGTTGTCGTAAAAATGTGTACTTCTATTTTCCGGTCATTGATATTTGTACATCGGCGACTCTTTTTTGTCTATGCTTAATTGGAGAATATTTTCTTATTTTATC]

[+] EMBL CD190065             [CACTAGTGATTAATAATTATGAGAATTAAATTTATCAATTAGTGTATTATTACCTAATATTTTAACCGAATTACGATCAGTTAACCGTTTACACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTCATTTTGACATGAAATAATGTGTGGGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTTATTTGTTACGCTTCAGTTCTATTCAACTTGTTATATGGGGATGTATTTTTGTTTGGACACTTCGCATTATCCGTTGTTCTTTAATCCAATTTTTTTGTGACTAACTTGATCTCGTGATATATTGAAATGTCTATTATCATCAAATCAGATAATATTTCGGAAAAAAATTATTTATTCAGATTTATTTATAGGTGTTGTGGTTGTTGTCGTAAAAATGTGTACTTCTATTTTCCGGTCATTGATATTTGTACATCGGCGACTCTTTTTTGTCTATGCTTAATTGGAGAATATTTTCTTATTTTATC]




>consensus_5371#0
CACTAGTGATTAATAATTATGAGAATTAAATTTATCAATTAGTGTATTATTACCTAATAT
TTTAACCGAATTACGATCAGTTAACCGTTTACACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTC
ATTTTGACATGAAATAATGTGTGGGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTT
ATTTGTTACGCTTCAGTTCTATTCAACTTGTTATATGGGGATGTATTTTTGTTTGGACAC
TTCGCATTATCCGTTGTTCTTTAATCCAATTTTTTTGTGACTAACTTGATCTCGTGATAT
ATTGAAATGTCTATTATCATCAAATCAGATAATATTTCGGAAAAAAATTATTTATTCAGA
TTTATTTATAGGTGTTGTGGTTGTTGTCGTAAAAATGTGTACTTCTATTTTCCGGTCATT
GATATTTGTACATCGGCGACTCTTTTTTGTCTATGCTTAATTGGAGAATATTTTCTTATT
TTATC

consensusID : consensus_5371#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 465
fasta sequence

                              [GTGTTGTATTGGTAGTATTCTGTGGTCTGATATTTTATTTAACTCAACATCCAAACTATCGTCGTATTGAAACAATGTCTCCAGAACATCGTGCACTACAAGAATAAATAAAAAATAATTATGTGAATTAAATTTATCAATTAATGTATTATTACCTAATATTTTAACCGAATTACGATCAGTTAACCGTTTTCACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTCATTTTGTCATGAAATAATGTGTCTGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTTATTTGTTACGCTTCAGTTCTATTCAACTTGTTATATGGTGATGTATTTTTGTTTGGTCACTTCGCATTATCCGTTGTTCTTTAATCCAATTTTTTTGTGACTAACTTGATCTCGTGATATATTGAAATGTCTATTATCATCAAATCAGATAATATTTCGGAAAAAAATTATTTATTCAGATTT]

[-] EMBL CD112721             [GTGTTGTATTGGTAGTATTCTGTGGTCTGATATTTTATTTAACTCAACATCCAAACTATCGTCGTATTGAAACAATGTCTCCAGAACATCGTGCACTACAAGAATAAATAAAAAATAATTATGTGAATTAAATTTATCAATTAATGTATTATTACCTAATATTTTAACCGAATTACGATCAGTTAACCGTTTTCACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTCATTTTGTCATGAAATAATGTGTCTGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTTATTTGTTACGCTTCAGTTCTATTCAACTTGTTATATGGTGATGTATTTTTGTTTGGTCACTTCGCATTATCCGTTGTTCTTTAATCCAATTTTTTTGTGACTAACTTGATCTCGTGATATATTGAAATGTCTATTATCATCAAATCAGATAATATTTCGGAAAAAAATTATTTATTCAGATTT]
[-] EMBL CD202562             [                                                    AAACTATCGTCGTATTGAAACAATGTCTCCAGAACATCGTGCACTACAAGAATAAATAAAAAATAATTATGTGAATTAAATTTATCAATTAATGTATTATTACCTAATATTTTAACCGAATTACGATCAGTTAACCGTTTTCACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTCATTTTGTCATGAAATAATGTGTCTGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTTATTTGTTACGCTTCAGTTCTATTCAACTTGTTTTATGGTGATGTATTTTTGTTTGGTCACTTCGCATTATCCGTTGTTCTTTAATCCAATTTTTT                                                                                        ]




>consensus_5371#1
GTGTTGTATTGGTAGTATTCTGTGGTCTGATATTTTATTTAACTCAACATCCAAACTATC
GTCGTATTGAAACAATGTCTCCAGAACATCGTGCACTACAAGAATAAATAAAAAATAATT
ATGTGAATTAAATTTATCAATTAATGTATTATTACCTAATATTTTAACCGAATTACGATC
AGTTAACCGTTTTCACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTCATTTTGTCATGAAATAAT
GTGTCTGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTTATTTGTTACGCTTCAGTT
CTATTCAACTTGTTATATGGTGATGTATTTTTGTTTGGTCACTTCGCATTATCCGTTGTT
CTTTAATCCAATTTTTTTGTGACTAACTTGATCTCGTGATATATTGAAATGTCTATTATC
ATCAAATCAGATAATATTTCGGAAAAAAATTATTTATTCAGATTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5371#0      ------------------------------------------------------------
consensus_5371#1      GTGTTGTATTGGTAGTATTCTGTGGTCTGATATTTTATTTAACTCAACATCCAAACTATC 60
                                                                                  

consensus_5371#0      ------------------------------------------CACTAGTGATTAATAATT 18
consensus_5371#1      GTCGTATTGAAACAATGTCTCCAGAACATCGTGCACTACAAGAATAAATAAAAAATAATT 120
                                                                 *  * * *  *******

consensus_5371#0      ATGAGAATTAAATTTATCAATTAGTGTATTATTACCTAATATTTTAACCGAATTACGATC 78
consensus_5371#1      ATGTGAATTAAATTTATCAATTAATGTATTATTACCTAATATTTTAACCGAATTACGATC 180
                      *** ******************* ************************************

consensus_5371#0      AGTTAACCGTTTACACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTCATTTTGACATGAAATAAT 138
consensus_5371#1      AGTTAACCGTTTTCACTGCTTCACTCCCAAACATTTATTTTCATTTTGTCATGAAATAAT 240
                      ************ *********************************** ***********

consensus_5371#0      GTGTGGGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTTATTTGTTACGCTTCAGTT 198
consensus_5371#1      GTGTCTGAAACCATCATAACTACATTCAAACCGACTATAGTTATTTGTTACGCTTCAGTT 300
                      ****  ******************************************************

consensus_5371#0      CTATTCAACTTGTTATATGGGGATGTATTTTTGTTTGGACACTTCGCATTATCCGTTGTT 258
consensus_5371#1      CTATTCAACTTGTTATATGGTGATGTATTTTTGTTTGGTCACTTCGCATTATCCGTTGTT 360
                      ******************** ***************** *********************

consensus_5371#0      CTTTAATCCAATTTTTTTGTGACTAACTTGATCTCGTGATATATTGAAATGTCTATTATC 318
consensus_5371#1      CTTTAATCCAATTTTTTTGTGACTAACTTGATCTCGTGATATATTGAAATGTCTATTATC 420
                      ************************************************************

consensus_5371#0      ATCAAATCAGATAATATTTCGGAAAAAAATTATTTATTCAGATTTATTTATAGGTGTTGT 378
consensus_5371#1      ATCAAATCAGATAATATTTCGGAAAAAAATTATTTATTCAGATTT--------------- 465
                      *********************************************               

consensus_5371#0      GGTTGTTGTCGTAAAAATGTGTACTTCTATTTTCCGGTCATTGATATTTGTACATCGGCG 438
consensus_5371#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_5371#0      ACTCTTTTTTGTCTATGCTTAATTGGAGAATATTTTCTTATTTTATC 485
consensus_5371#1      -----------------------------------------------