These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_5462#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 367 fasta sequence [ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCTCCTGGTAATAAATCGAATGCTTTTCA-GCTTATTACAGGTTTACCGATACATAGTTATTTCTCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGATGGAAGGAAATAAATTGTTAATTGGTACAGTTGACCCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTCAAATGTGTCCAGTTAACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACCACTAATTAAATTGAATACATTAGA] [+] EMBL AI559066 [ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCTCCTGGTAATAAATCGAATGCTTTTCA GCTTATTACAGGTTTACCGATACATAGTTATTTCTCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGATGGAAGGAAATAAATTGTTAATTGGTACAGTTGACCCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTCAAATGTGTCCAGTTAACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACCACTAATTAAATTGAATACATTAGA] [+] EMBL AI740268 [ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCTCCTGG AATAAATCGATTGCTTTAAAGGCTAATAACAGG TTACCGATACATAGTTATTTCTCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGAT GAAGGAAATAAATTGTTATTTGGTACAGTTGACTCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTCAGATGTGTCATGTT ACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACTACTATTTAATTTGAATACATTAa ] consensusID : consensus_5462#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 210 fasta sequence [ACAAATCAACGTGNACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAACTCCTGGTNADAAATCGGATGCTTTTCACCTTATTAAAAGGTTACGATTACATAGTTTTTTCGTCACCTTTAAAATTGAATGGGTGTTCAATAA] [+] EMBL AI964711 [ACAAATCAACGTGNACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCAGCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAACTCCTGGTNADAAATCGGATGCTTTTCACCTTATTAAAAGGTTACGATTACATAGTTTTTTCGTCACCTTTAAAATTGAATGGGTGTTCAATAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_5462#0 ACAAATCAACGTGAAACGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTCCA 60 consensus_5462#1 ACAAATCAACGTGNA-CGACTATTGCATGGAATAGTGAAACAGGTGAACCATTAGCTC-A 58 ************* * ****************************************** * consensus_5462#0 GCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAGCT 120 consensus_5462#1 GCTATTGTTTGGTCTGATGCAAGAACTGCTGATGATGTTAAAAAATTTATACGAATAACT 118 ********************************************************* ** consensus_5462#0 CCTGGTAATAAATCGAATGCTTTTCAGCTTATTACAGGTTTACCGATACATAGTTATTTC 180 consensus_5462#1 CCTGGTNADAAATCGGATGCTTTTCACCTTATTAAAAGGTTACGATTACATAGTTTTTTC 178 ****** * ****** ********** ******* * * **** ********* **** consensus_5462#0 -TCAGCTTTAAAAATGAATTGGTTATTAAATAATGTCAAGTCCGTGGCTGAAGCAGATGG 239 consensus_5462#1 GTCACCTTTAAAATTGAAT-GGGTGTTCAATAA--------------------------- 210 *** ******** ***** ** * ** ***** consensus_5462#0 AAGGAAATAAATTGTTAATTGGTACAGTTGACCCATGGCTGATATGGAAATTAACTAGTC 299 consensus_5462#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5462#0 AAATGTGTCCAGTTAACTGATGTAACGAATGCAAGCCGTACACCACTAATTAAATTGAAT 359 consensus_5462#1 ------------------------------------------------------------ consensus_5462#0 ACATTAGA 367 consensus_5462#1 -------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||