cluster # 5511

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Schistosoma mansoni
cluster # 5511 cluster # 5511 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5511#0 length = 484 sequences # 2

consensus_5511#1 length = 425 sequences # 1

consensusID : consensus_5511#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 484
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTGTATGTTAACTTATATATTATCTTAATTGATTACATAATAAATGAATGTAACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTATAAACCTATCATACTAGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGACTTGAGGAAACCCCATTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAACCATATAGATTAAATTCTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATTTTGGCGGGAATAAGAAAGTTGATTCAGTATACAATCCACGTGCGAAATTAAGAAATTCTAATTGATTTCACACATTTATTTGGTAAGTTAATCAACGTGTTCGTCTTAAAACAACATTCAGATGCCACTGATTTATGTGAACATTTACCGTCTCCACTGAAAATGTCTGATTCCCCAACCAATTCAGATTGATCCTTTT]

[+] EMBL AI394964             [TTTTTTTTTTTGTATGTTAACTTATATATTATCTTAATTGATTACATAATAAATGAATGTAACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTATAAACCTATCATACTAGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGACTTGAGGAAACCCCATTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAACCATATAGATTAAATTCTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATTTTGGCGGGAATAAGAAAGTTGATTCAGTATACAATCCACGTGCGAAATTAAGAAATTCTAATTGATTTCACACATTTATTTGGTAAGTTAATC                                                                                                          ]
[+] EMBL CD077270             [                    CTTATATATTATCTTAATTGATTACATAATAAATGAATGTAACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTATAAACCTATCATACTAGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGACTTGAGGAAACCCCATTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAACCATAGAGATTAAATTCTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATTTTGGCGGTAATAAGAAAGTTGATTCAGTATACAACCCACGTGCGAAATTAAGAAATTCT ATTGAATTCACACATTTATTTGGTAAGTTAATCAACGTGTTCGTCTTAAAACAACATTCAGATGCCACTGATTTATGTGAACATTTACCGTCTCCACTGAAAATGTCTGATTCCCCAACCAATTCAGATTGATCCTTTT]




>consensus_5511#0
TTTTTTTTTTTGTATGTTAACTTATATATTATCTTAATTGATTACATAATAAATGAATGT
AACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTATAAACCTATCATACT
AGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGACTTGAGGAAACCCCA
TTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAACCATATAGATTAAATT
CTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATTTTGGCGGGAATAAGA
AAGTTGATTCAGTATACAATCCACGTGCGAAATTAAGAAATTCTAATTGATTTCACACAT
TTATTTGGTAAGTTAATCAACGTGTTCGTCTTAAAACAACATTCAGATGCCACTGATTTA
TGTGAACATTTACCGTCTCCACTGAAAATGTCTGATTCCCCAACCAATTCAGATTGATCC
TTTT

consensusID : consensus_5511#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 425
fasta sequence

                              [TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCTGTATGTTAACTTATATATTATCTTAATTGATTACATAATAAATGAATGTAACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTATAAACCTATCATACTAGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGACTTGAGGAAACCCCATTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAACCATAGAGATTAAATTCTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATTTTGGCGGTAATCTATTTAATGAAGTAAATGTTGCACGTAAATATTAATTTTATATATGAAGTAAGATATTACAATCAATAAATAATTGTGGTGAATAAGTCCCCTTTAAAAATTGGAACAAAGCA]

[+] EMBL AI395777             [TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCTGTATGTTAACTTATATATTATCTTAATTGATTACATAATAAATGAATGTAACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTATAAACCTATCATACTAGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGACTTGAGGAAACCCCATTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAACCATAGAGATTAAATTCTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATTTTGGCGGTAATCTATTTAATGAAGTAAATGTTGCACGTAAATATTAATTTTATATATGAAGTAAGATATTACAATCAATAAATAATTGTGGTGAATAAGTCCCCTTTAAAAATTGGAACAAAGCA]




>consensus_5511#1
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCTGTATGTTAACTTATATATTATCTTAATTGATTAC
ATAATAAATGAATGTAACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTA
TAAACCTATCATACTAGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGA
CTTGAGGAAACCCCATTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAAC
CATAGAGATTAAATTCTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATT
TTGGCGGTAATCTATTTAATGAAGTAAATGTTGCACGTAAATATTAATTTTATATATGAA
GTAAGATATTACAATCAATAAATAATTGTGGTGAATAAGTCCCCTTTAAAAATTGGAACA
AAGCA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5511#0      ---------TTTTTTTTTT------TGTATGTTAACTTATATATTATCTTAATTGATTAC 45
consensus_5511#1      TTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACCTGTATGTTAACTTATATATTATCTTAATTGATTAC 60
                               **********      ***********************************

consensus_5511#0      ATAATAAATGAATGTAACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTA 105
consensus_5511#1      ATAATAAATGAATGTAACTCTATTTATAAACGTTGAATAGATAACTTTGTTATATTTTTA 120
                      ************************************************************

consensus_5511#0      TAAACCTATCATACTAGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGA 165
consensus_5511#1      TAAACCTATCATACTAGTCAAGCTCGTCTGTTTCCTGATTCGATCATTATGAACCATGGA 180
                      ************************************************************

consensus_5511#0      CTTGAGGAAACCCCATTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAAC 225
consensus_5511#1      CTTGAGGAAACCCCATTTCTTTTATTAATAAGTGATCTGTTGCCAAGGTTGCGAATAAAC 240
                      ************************************************************

consensus_5511#0      CATATAGATTAAATTCTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATT 285
consensus_5511#1      CATAGAGATTAAATTCTGAATGAAATAGATATGGTTTAGCACATTTATGCATCACTAATT 300
                      **** *******************************************************

consensus_5511#0      TTGGCGGGAATAAGAAAGTTGATTCAGTATACAATCCACGTGCGAAATTAAG---AAATT 342
consensus_5511#1      TTGGCGGTAATCT---ATTTAATGAAGTAAATGTTGCACGTA-AATATTAATTTTATATA 356
                      ******* ***     * ** **  **** *   * *****   * *****    * ** 

consensus_5511#0      CTAATTGATTTCACACATTTATTTGGTAAGT-TAATCAACGTGTTCGTCTTAAAACAACA 401
consensus_5511#1      TGAAGTAAGATATTACAATCAATAAATAATTGTGGTGAATAAGTCCCCTTTAAAA----A 412
                        ** * *  *   *** * * *   *** * *  * **   ** *   ******    *

consensus_5511#0      TTCAGATGCCACTGATTTATGTGAACATTTACCGTCTCCACTGAAAATGTCTGATTCCCC 461
consensus_5511#1      TTGGAACAAAGCA----------------------------------------------- 425
                      **   *     *                                                

consensus_5511#0      AACCAATTCAGATTGATCCTTTT 484
consensus_5511#1      -----------------------