cluster # 6193

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Schistosoma mansoni
cluster # 6193 cluster # 6193 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6193#0 length = 538 sequences # 3

consensus_6193#1 length = 241 sequences # 1

consensusID : consensus_6193#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 538
fasta sequence

                              [CTTTTTTAAATATAAAAATTATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTACTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAATTTGTAGAATTTGTATTACTACTAGTAATATTATGATTTATACAATAAGGAGTTGATATTGCTGTAAGGAGGTTACTATTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATATTACTATTATTGTTATTATTATTAGGAGACCAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAGTGATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAACCTGTTTGCTTATCCTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCT--ACTGATTGATGTAATATT]

[+] EMBL CD167122             [CTTTTTTAAATATAAAAATTATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTACTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAATTTGTAGAATTTGTATTACTACTAGTAATATTATGATTTATACAATAAGGAGTTGATATTGCTGTAAGGAGGTTACTATTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATATTACTATTATTGTTATTATTATTAGGAGACCAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAATGATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATAC                                                                                                       ]
[+] EMBL CD120950             [                                                                                                  TAGTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAATTTGTAGAATTTGTATTACTACTAGTAATATTATGATTTATAGAATTAGGAGTTGATATTGTTGTAAGGAGGTTACTACTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATATTATTATTACTGTTATTATTATTAGTAGACGAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAGTGATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAACCTGTTTGCTTATCCTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCTAAACTGATTGATGTA     ]
[-] EMBL CD166833             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGATTGATCAGTGATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAACCTGTTTGCTTATCCTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCT  ACTGATTGATGTAATATT]




>consensus_6193#0
CTTTTTTAAATATAAAAATTATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACT
AGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTACTATGAGTTTTCTCTATTGT
TATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATT
GGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAATTTGTAGAATTTGT
ATTACTACTAGTAATATTATGATTTATACAATAAGGAGTTGATATTGCTGTAAGGAGGTT
ACTATTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATATTACTATTATTGTT
ATTATTATTAGGAGACCAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAGTGATGCAATTGGTTG
ATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAACCTGTTTGCTTATC
CTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCTACTGATTGATGTAATATT

consensusID : consensus_6193#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 241
fasta sequence

                              [TTTTATGATATTTCGCGGAAGTTAATTTTGACAATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTAGTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGNATATTTAGATTATTTACTATATTTGAATT]

[+] EMBL CD196223             [TTTTATGATATTTCGCGGAAGTTAATTTTGACAATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATGAATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTAGTATGAGTTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGATTATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGNATATTTAGATTATTTACTATATTTGAATT]




>consensus_6193#1
TTTTATGATATTTCGCGGAAGTTAATTTTGACAATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATG
AATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTAGTATGAG
TTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGAT
TATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGNATATTTAGATTATTTACTATATTTGAAT
T

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6193#0      ---------CTTTTTTAAATATAAAAATT----ATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATG 47
consensus_6193#1      TTTTATGATATTTCGCGGAAGTTAATTTTGACAATTTATCTGTTGAGTGATTATTTAATG 60
                                ***     *  * **  **    ***************************

consensus_6193#0      AATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTACTATGAG 107
consensus_6193#1      AATATAATGGACTAGAACTATTCGATAATTTATTTGCACTTGAAGATGATTTAGTATGAG 120
                      ***************************************************** ******

consensus_6193#0      TTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGAT 167
consensus_6193#1      TTTTCTCTATTGTTATTAGTCCATTATCATTCATTGTTCCATTATCCAAAGAAGTATGAT 180
                      ************************************************************

consensus_6193#0      TATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGTATATTTAGATTATTTACTATATTGAAAT 227
consensus_6193#1      TATTATTAATATTGGTATTTATTATTGTTGGNATATTTAGATTATTTACTATATTTGAAT 240
                      ******************************* ***********************  ***

consensus_6193#0      TTGTAGAATTTGTATTACTACTAGTAATATTATGATTTATACAATAAGGAGTTGATATTG 287
consensus_6193#1      T----------------------------------------------------------- 241
                      *                                                           

consensus_6193#0      CTGTAAGGAGGTTACTATTGAATAGTTGGGATAACGTTGAAAGCGTTTTAAGTGAAATAT 347
consensus_6193#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6193#0      TACTATTATTGTTATTATTATTAGGAGACCAAGCATTGAGAGTTAACTGATTGATCAGTG 407
consensus_6193#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6193#0      ATGCAATTGGTTGATTTAAATGTTTTATACTTGGCATTATACCTACAGTTTCAATTAAAC 467
consensus_6193#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6193#0      CTGTTTGCTTATCCTTGACATTGAGTAATGTAGCAGTGGTATTTGTCGATCCTACTGATT 527
consensus_6193#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6193#0      GATGTAATATT 538
consensus_6193#1      -----------