cluster # 6350

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Schistosoma mansoni
cluster # 6350 cluster # 6350 Sequences # 4 consensus # 4

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6350#0 length = 592 sequences # 1
consensus_6350#1 length = 590 sequences # 1

consensus_6350#2 length = 499 sequences # 1
consensus_6350#3 length = 233 sequences # 1

consensusID : consensus_6350#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 592
fasta sequence

                              [TATTTCTGTGATTAGTACAGAATTTCACCAATCAAAAAGGGTTAATTCTTACGTAACTTGTTACAATAATTAATCGATTATGTAATTTTATTTTGATTTTAATTTAGAAGCTATTGAGTTATGTTTTAACATTACAATGATGTACTTGATGATTCTCATTTTTATTTGCAATTCAATGATTCTTCAACCTTCAATTTGCACTTTTATTCTTATTTTTACTTCACATAGAAACATATAAACACTCCAATATCATTCATTAATAACTCATCTTAAACATACATACACATACACACACACAATTAATCCAGTCTCCTTTTATTTCACATCGTTGAACTTTTCACTTGATTCTCATTCAACTGACTTATATTATCCTGTTTACATTAATTCAACATCCAAATATGATTAGTTTTACGTAGTATAGTTTTTGATATGATTGTTAAAAAACACTATATATTTCTTTGATGATTTGATTTTGATTATTATCCTGAAGAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTAAATTTCAATCGCTGAGATTATTTAAATATGATTTTTCACATATAATGACTTCTCTATACT]

[+] EMBL BF936832             [TATTTCTGTGATTAGTACAGAATTTCACCAATCAAAAAGGGTTAATTCTTACGTAACTTGTTACAATAATTAATCGATTATGTAATTTTATTTTGATTTTAATTTAGAAGCTATTGAGTTATGTTTTAACATTACAATGATGTACTTGATGATTCTCATTTTTATTTGCAATTCAATGATTCTTCAACCTTCAATTTGCACTTTTATTCTTATTTTTACTTCACATAGAAACATATAAACACTCCAATATCATTCATTAATAACTCATCTTAAACATACATACACATACACACACACAATTAATCCAGTCTCCTTTTATTTCACATCGTTGAACTTTTCACTTGATTCTCATTCAACTGACTTATATTATCCTGTTTACATTAATTCAACATCCAAATATGATTAGTTTTACGTAGTATAGTTTTTGATATGATTGTTAAAAAACACTATATATTTCTTTGATGATTTGATTTTGATTATTATCCTGAAGAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTAAATTTCAATCGCTGAGATTATTTAAATATGATTTTTCACATATAATGACTTCTCTATACT]




>consensus_6350#0
TATTTCTGTGATTAGTACAGAATTTCACCAATCAAAAAGGGTTAATTCTTACGTAACTTG
TTACAATAATTAATCGATTATGTAATTTTATTTTGATTTTAATTTAGAAGCTATTGAGTT
ATGTTTTAACATTACAATGATGTACTTGATGATTCTCATTTTTATTTGCAATTCAATGAT
TCTTCAACCTTCAATTTGCACTTTTATTCTTATTTTTACTTCACATAGAAACATATAAAC
ACTCCAATATCATTCATTAATAACTCATCTTAAACATACATACACATACACACACACAAT
TAATCCAGTCTCCTTTTATTTCACATCGTTGAACTTTTCACTTGATTCTCATTCAACTGA
CTTATATTATCCTGTTTACATTAATTCAACATCCAAATATGATTAGTTTTACGTAGTATA
GTTTTTGATATGATTGTTAAAAAACACTATATATTTCTTTGATGATTTGATTTTGATTAT
TATCCTGAAGAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTAAATTTCAA
TCGCTGAGATTATTTAAATATGATTTTTCACATATAATGACTTCTCTATACT

consensusID : consensus_6350#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 590
fasta sequence

                              [TATTCCCTGATTAATTGCAACTGTCACAACTAATAAGACATGACAACAAACTCAAACTTTCTTTCCAGTTGTCATGCTTTNCTCTCGCTTTCTATTTGAATTCGTCGCACAAGCAACACCATTTAAGTGATTNGCTGACCGATCGAATNTNCTGCAATNCGTCNATGAGCGCATACCACTAACAAGACCATTTGCNCTGAACAGTNTTTGCACTCAACTGATGTCATCTTCGCAAGCAGTAACAATATGAGTTCCAGAATATAATTTATAATTGGTCTTCACACTAGCCTATGATGGNGGACTTCCTTCATCCACCACATCTAAACAGGAAATTTTAGTTGTNAGAGTCTCCNGTCTCCTTTAATTCACATCGTTGAACTTTTCACTTGATCCTCATTCAACTGACTCATNTTATCCTGTTTACAAAAATTCGACATCCAAATNTGATTGGGATTAAAGTAGTAGAGTTTTTGATATGATTGTTAAAAAACACTATATNTTTCTTTGANGANTTTGATTTGGATTATTTCCCTGAAAGAAGTCAGAAAATTGCTGGGACAAACTTGGGAATTATTTAAATTCAATCGCTG]

[+] EMBL AI110913             [TATTCCCTGATTAATTGCAACTGTCACAACTAATAAGACATGACAACAAACTCAAACTTTCTTTCCAGTTGTCATGCTTTNCTCTCGCTTTCTATTTGAATTCGTCGCACAAGCAACACCATTTAAGTGATTNGCTGACCGATCGAATNTNCTGCAATNCGTCNATGAGCGCATACCACTAACAAGACCATTTGCNCTGAACAGTNTTTGCACTCAACTGATGTCATCTTCGCAAGCAGTAACAATATGAGTTCCAGAATATAATTTATAATTGGTCTTCACACTAGCCTATGATGGNGGACTTCCTTCATCCACCACATCTAAACAGGAAATTTTAGTTGTNAGAGTCTCCNGTCTCCTTTAATTCACATCGTTGAACTTTTCACTTGATCCTCATTCAACTGACTCATNTTATCCTGTTTACAAAAATTCGACATCCAAATNTGATTGGGATTAAAGTAGTAGAGTTTTTGATATGATTGTTAAAAAACACTATATNTTTCTTTGANGANTTTGATTTGGATTATTTCCCTGAAAGAAGTCAGAAAATTGCTGGGACAAACTTGGGAATTATTTAAATTCAATCGCTG]




>consensus_6350#1
TATTCCCTGATTAATTGCAACTGTCACAACTAATAAGACATGACAACAAACTCAAACTTT
CTTTCCAGTTGTCATGCTTTNCTCTCGCTTTCTATTTGAATTCGTCGCACAAGCAACACC
ATTTAAGTGATTNGCTGACCGATCGAATNTNCTGCAATNCGTCNATGAGCGCATACCACT
AACAAGACCATTTGCNCTGAACAGTNTTTGCACTCAACTGATGTCATCTTCGCAAGCAGT
AACAATATGAGTTCCAGAATATAATTTATAATTGGTCTTCACACTAGCCTATGATGGNGG
ACTTCCTTCATCCACCACATCTAAACAGGAAATTTTAGTTGTNAGAGTCTCCNGTCTCCT
TTAATTCACATCGTTGAACTTTTCACTTGATCCTCATTCAACTGACTCATNTTATCCTGT
TTACAAAAATTCGACATCCAAATNTGATTGGGATTAAAGTAGTAGAGTTTTTGATATGAT
TGTTAAAAAACACTATATNTTTCTTTGANGANTTTGATTTGGATTATTTCCCTGAAAGAA
GTCAGAAAATTGCTGGGACAAACTTGGGAATTATTTAAATTCAATCGCTG

consensusID : consensus_6350#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 499
fasta sequence

                              [AGTAGCTTGACAAAAATTATATTTGAAATAATCTCAGCTAACATCTCTAGACTTCTTCAGGGTGAAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTAAATTTCAATCGCTAAGATTATTTCACATTCTGGTATGGTTTCTGGGAAATATTTCTGTTTCTAGACAAAATAATTTAGTGGGAATATAAAACCATCTAATAGCTTCACTTGAATAATCATCAGGAAAAAAAACTCTACGGTCACACAATCTACCATCTTTTCTTCAAAATGATTAAGGCATTTAAAAGTAAATGAAGATGAGTACAGATATTTTATCACCGGTATTCTCCCATCAGAAGCTTGAATCGGAACTACTGGGGTGTAATAAGCCTGGGTCAACTTGAGTAGCTATAATGTGTTAGATTTTTGGGATATGTTCTCTAATGTTATGTTGTATGTTGATCTGAGTAATTTTGTAATCGAAAACATTTTTTGTAATTTTAACTACATTA]

[+] EMBL CD084416             [AGTAGCTTGACAAAAATTATATTTGAAATAATCTCAGCTAACATCTCTAGACTTCTTCAGGGTGAAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTAAATTTCAATCGCTAAGATTATTTCACATTCTGGTATGGTTTCTGGGAAATATTTCTGTTTCTAGACAAAATAATTTAGTGGGAATATAAAACCATCTAATAGCTTCACTTGAATAATCATCAGGAAAAAAAACTCTACGGTCACACAATCTACCATCTTTTCTTCAAAATGATTAAGGCATTTAAAAGTAAATGAAGATGAGTACAGATATTTTATCACCGGTATTCTCCCATCAGAAGCTTGAATCGGAACTACTGGGGTGTAATAAGCCTGGGTCAACTTGAGTAGCTATAATGTGTTAGATTTTTGGGATATGTTCTCTAATGTTATGTTGTATGTTGATCTGAGTAATTTTGTAATCGAAAACATTTTTTGTAATTTTAACTACATTA]




>consensus_6350#2
AGTAGCTTGACAAAAATTATATTTGAAATAATCTCAGCTAACATCTCTAGACTTCTTCAG
GGTGAAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTAAATTTCAATCGCT
AAGATTATTTCACATTCTGGTATGGTTTCTGGGAAATATTTCTGTTTCTAGACAAAATAA
TTTAGTGGGAATATAAAACCATCTAATAGCTTCACTTGAATAATCATCAGGAAAAAAAAC
TCTACGGTCACACAATCTACCATCTTTTCTTCAAAATGATTAAGGCATTTAAAAGTAAAT
GAAGATGAGTACAGATATTTTATCACCGGTATTCTCCCATCAGAAGCTTGAATCGGAACT
ACTGGGGTGTAATAAGCCTGGGTCAACTTGAGTAGCTATAATGTGTTAGATTTTTGGGAT
ATGTTCTCTAATGTTATGTTGTATGTTGATCTGAGTAATTTTGTAATCGAAAACATTTTT
TGTAATTTTAACTACATTA

consensusID : consensus_6350#3
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 233
fasta sequence

                              [TAAGAACTAAATGTTCGAAAAATTATATAATGAAGAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTATATTTCAATCGCTGAGACTATTTCAAATATAATTTTTTCACATATAATGAATTAAAGTAATAGTTTTAGAATGTTAAGATAAATTTATTGGTCAAAACAGCAACAGTTTAGAAAGGTAAAGTGGGTGTGTAAGATCAGCTCGCTAATTTATGATTA]

[+] EMBL CD185381             [TAAGAACTAAATGTTCGAAAAATTATATAATGAAGAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTATATTTCAATCGCTGAGACTATTTCAAATATAATTTTTTCACATATAATGAATTAAAGTAATAGTTTTAGAATGTTAAGATAAATTTATTGGTCAAAACAGCAACAGTTTAGAAAGGTAAAGTGGGTGTGTAAGATCAGCTCGCTAATTTATGATTA]




>consensus_6350#3
TAAGAACTAAATGTTCGAAAAATTATATAATGAAGAAGTCCAGACAAGTTAGCTGGACGA
AACGTTGGAATTATTTATATTTCAATCGCTGAGACTATTTCAAATATAATTTTTTCACAT
ATAATGAATTAAAGTAATAGTTTTAGAATGTTAAGATAAATTTATTGGTCAAAACAGCAA
CAGTTTAGAAAGGTAAAGTGGGTGTGTAAGATCAGCTCGCTAATTTATGATTA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6350#3      ------------------------------------------------------------
consensus_6350#0      TATTTCTGTGATTAGTACAGAATTTCACCAATCAAAAAGGGTTAATTCTTACGTAA---C 57
consensus_6350#1      TATTCCC-TGATTAATTGCAACTGTCACAACTAATAAGACATGACAACAAACTCAAACTT 59
consensus_6350#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6350#3      ------------------------------------------------------------
consensus_6350#0      TTGTTACAATAATTAATCGATTATGTAATTTTAT-TTTGATTTTAATTTAGAAGCTAT-T 115
consensus_6350#1      TCTTTCCAGTTGTCATGCTTTNCTCTCGCTTTCTATTTGAATTCGTCGCACAAGCAACAC 119
consensus_6350#2      --------------------------AGTAGCTTGACAAAAATTATATTTGAAATAATCT 34
                                                                                  

consensus_6350#3      ------------------------------------------------------------
consensus_6350#0      GAGTTATGTT-TTAACATTACAATGATGTACTTGATGATTC--TCATTTTTATTTGCAAT 172
consensus_6350#1      CATTTAAGTGATTNGCTGACCGATCGAATNTNCTGCAATNCGTCNATGAGCGCATACCAC 179
consensus_6350#2      CAGCTAACATCTCTAGACTTCTTCAGGGTGAAAGTCCAGAC---AAGTTAGCTGGACGAA 91
                                                                                  

consensus_6350#3      ------------------------------------------------------------
consensus_6350#0      TCA-ATGATTCTTCAACCTTCA----ATTTGCACTTTTATTCTTATTTTTACTTCACATA 227
consensus_6350#1      TAACAAGACCATTTGCNCTGAACAGTNTTTGCACTCA-ACTGATGTCATCTTCGCAAGCA 238
consensus_6350#2      ACGTTGGAATTATTTAAATTTCAATCGCTAAGATTATTTCACATTCTGGTATGGTTTCTG 151
                                                                                  

consensus_6350#3      ------------------------------------------------------------
consensus_6350#0      GAAACA-TATAAACACTCCAATATCATTCAT------------TAATAACTCATCTTAAA 274
consensus_6350#1      GTAACAATATGAGTTCCAGAATATAATTTATAATTGGTCTTCACACTAGCCTATGATGGN 298
consensus_6350#2      GGAAATATTTCTGTTTCTAGACAAAATAATTTAGTGG----GAATATAAAACCATCTAAT 207
                                                                                  

consensus_6350#3      ----------TAAGAACTAAATGTTCGAAAAATTATATAAT-GAAGAAGTCCAGA----- 44
consensus_6350#0      ------CATACATACAC-ATACACACACA--------CAATTAATCCAGTCTCCT----- 314
consensus_6350#1      GGACTTCCTTCATCCACCACATCTAAACAGGAAATTTTAGTTGTNAGAGTCTCCNGTCTC 358
consensus_6350#2      AGCTTCACTTGAATAATCATCAGGAAAAAAAACTCTACGGT-CACACAATCTACCATCT- 265
                                 *   *  *         *           *      * **         

consensus_6350#3      ---CAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTATATTTCAATCGCTGAGACTATTTC 101
consensus_6350#0      -TTTATTTCACATCGTTGAACTTTTCACTTGATTCTCATTCAACTGACTTATATTATCCT 373
consensus_6350#1      CTTTAATTCACATCGTTGAACTTTTCACTTGATCCTCATTCAACTGACTCATNTTATCCT 418
consensus_6350#2      -TTTCTTCAAAATGATTAAGGCATTTAA---AAGTAAATGAAGATGAGTACAGATATTTT 321
                               *  *     *    **      *     **     *   *     ***   

consensus_6350#3      AAATATAATTTTTTCACATATAA----TGAATTAAAGTAATAGTTTTAGAATGTTAAGAT 157
consensus_6350#0      GTTTACATTAATTCAACATCCAAA--TATGATTAGTTTTAC-GTAGTATAGTTTT----T 426
consensus_6350#1      GTTTACAAAAATTCGACATCCAAA--TNTGATTGGGATTAAAGTAGTAGAGTTTT----T 472
consensus_6350#2      ATCACCGGTATTCTCCCATCAGAAGCTTGAATCGGAACTACTGGGGTGTAATAAGCC--T 379
                                 *    ***   *       **       *  *   *  * *       *

consensus_6350#3      AAATTTATTGGTCAAAACAGCAACAGTTTAGAAAGGTAAAGTG-GGTGTGTAAGATCAGC 216
consensus_6350#0      GATATGATTGTTAAAAAACACTATATATTTCTTTGATGATTT--GATTTTGATTATTATC 484
consensus_6350#1      GATATGATTGTTAAAAAACACTATATNTTTCTTTGANGANTTT-GATTTGGATTATTTCC 531
consensus_6350#2      GGGTCAACTTG-AGTAGCTATAATGTGTTAGATTTTTGGGATATGTTCTCTAATGTTATG 438
                            * *      *      *    **            *  * * *  *   *    

consensus_6350#3      TCGCTAATT--TATGATTA----------------------------------------- 233
consensus_6350#0      CTGAAGAAG--TCCAGACAAGTTAGCTGGACGAAACGTTGGAATTATTTAAATTTCAATC 542
consensus_6350#1      CTGAAAGAA--GTCAGAAAATT--GCTGGGACAAACTTGGGAATTATTTAAATT-CAATC 586
consensus_6350#2      TTGTATGTTGATCTGAGTAATTTTGTAATCGAAAACATTTTTTGTAATTTTAACTACATT 498
                        *               *                                         

consensus_6350#3      --------------------------------------------------
consensus_6350#0      GCTGAGATTATTTAAATATGATTTTTCACATATAATGACTTCTCTATACT 592
consensus_6350#1      GCTG---------------------------------------------- 590
consensus_6350#2      A------------------------------------------------- 499