cluster # 6469

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Schistosoma mansoni
cluster # 6469 cluster # 6469 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6469#0 length = 527 sequences # 3

consensus_6469#1 length = 521 sequences # 1

consensusID : consensus_6469#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 527
fasta sequence

                              [TCAGGAGAGAGTTTGATGGAGAATGCTAGTGGGTGGCCTATGTTCCTTCTCGATAGGTATCAGGCGTATGTAAGTAATTAAGTAAAAATGTTGTATGAAAAGTGAACTTTGAGGTAGCATGTAGAGTCCATGCTTTATAGTTAAACTGGGTTTCGAAAAATGGAGCAACCAGGACTCAGTGTTGTTTAAAATGTAAAACAGTGTCCAACTTTTCAGTTAAAATACTAGTGTTAATATGAAATAATGTTTAATTCTGACATGTCAAGCCAAGTCATTTTCACGGGTATGAATTGTAATTTATATCGTCATTCGGCAACTGAGACACTTCCTCCGTATGGTTAATAACATGACTAAATCAATGAGATCTTTCAACTAAATATGTAAGACGATATAGGAACGAAGCATTGAATAGATTTGTGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGCTGTTTTTCCAAAGCATCCTAAACGGGGCTTA-CCTTACAAACGGTGATGCTGAAAATAGTTT-ATGTTACAAAAGCTTACGTAAA]

[+] EMBL CD087046             [TCAGGAGAGAGTTTGATGGAGAATGCTAGTGGGTGGCCTATGTTCCTTCTCGATAGGTATCAGGCGTATGTAAGTAATTAAGTAAAAATGTTGTATGAAAAGTGAACTTTGAGGTAGCATGTAGAGTCCATGCTTTATAGTTAAACTGGGTTTCGAAAAATGGAGCAACCAGGACTCAGTGTTGTTTAAAATGTAAAACAGTGTCCAACTTTTCAGTTAAAATACTAGTGTTAATATGAAATAATGTTTAATTCTGACATGTCAAGCCAAGTCATTTTCACGGGTATGAATTGTAATTTATATCGTCATTCGGCAACTGAGACACTTCCTCCGTATGGTTAATAACATGACTAAATCAATGAGATCTTTCAACTAAATATGTAAGACGATATANGAACGAAGCATTGAATAGATNTGTGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGCTGTTTTTCCAAAGCATCCTAAACGGGGCTTACCCTTAC AACCGTGATGCTTAAAATAGTTTAATG TACCAAAGCTTACGTAAA]
[-] EMBL CD087030             [                                                                                                                                                                                                         TGTCCAACTTTTCAGTTAAAATACTAGTGTTAATATGAAATAATGTTTAATTCTGACATGTCAAGCCAAGTCATTTTCACGGGTATGAGTTGTAATTTATATCGTCATTCGGCAACTGAGACACTTCCTCCGTATGGTTAATAACATGACTAAATCAATGAGATCTTTCAACTAAATATGTAAGACGATATAGGAACGAAGCATTGAATAGATTTGTGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGCTGATTTTCCAAAGCATCCTAAACGGGGCTTA CCTTACAAACGGTGATGCTGAAAATAGTTT ATGTTACAAAAGCTTACG    ]
[-] EMBL CD087035             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GAGACACTTCCTCCGTATGGTTAATAACATGATTAAATCAATGAGATCTTTCAACTAAATATGTAAGACGATATAGGAACGAAGCATTGAATAGATTTGTGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGCTGTTTTTCCAAAGCATCTTAAACGGGGCTTA CCTTACAAACGGTGATGATGAAAATAGTTT ATGTTACAAAAGCTTACGTA  ]




>consensus_6469#0
TCAGGAGAGAGTTTGATGGAGAATGCTAGTGGGTGGCCTATGTTCCTTCTCGATAGGTAT
CAGGCGTATGTAAGTAATTAAGTAAAAATGTTGTATGAAAAGTGAACTTTGAGGTAGCAT
GTAGAGTCCATGCTTTATAGTTAAACTGGGTTTCGAAAAATGGAGCAACCAGGACTCAGT
GTTGTTTAAAATGTAAAACAGTGTCCAACTTTTCAGTTAAAATACTAGTGTTAATATGAA
ATAATGTTTAATTCTGACATGTCAAGCCAAGTCATTTTCACGGGTATGAATTGTAATTTA
TATCGTCATTCGGCAACTGAGACACTTCCTCCGTATGGTTAATAACATGACTAAATCAAT
GAGATCTTTCAACTAAATATGTAAGACGATATAGGAACGAAGCATTGAATAGATTTGTGT
GGTAGGACTGCATCATAAGTTAGCTGTTTTTCCAAAGCATCCTAAACGGGGCTTACCTTA
CAAACGGTGATGCTGAAAATAGTTTATGTTACAAAAGCTTACGTAAA

consensusID : consensus_6469#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 521
fasta sequence

                              [CAGAAAAGGATTTGAAGAAAAATTGGTAGGGGTAGCCATATGTTCCTTAGCGATGGGGTCGGGGGGTATTAAAGTATAAAATAAAATGTGTTGAAAAAAGAGTAATTTGGGGAGTAGAATGTAGAGCCCATTTTTAATAGATAAGTGGGTTTAAAAAAAATGGACCACACAGGACTCTTGTTTTTTAAAAAAATGAAAAAAAGTGCCAATTTTTTTAGTTAAAAACTAGAGTGTAAATATGAAAAATTGTTTATTTCAAACAGGCAAAGCAAATTATTTTAAGGGGGAGAGGGTGATATTAAAATCGTCAATGGGCAAAGTGAGACACTTCGTCGGTATGGTTAATAACATGACTAAATCAATGAGATCTTTCAATTAAATATGTAAGACGATATAGGAACAAAGCATTGAATAGATTTGTGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGTTGTTTTTCCAAAGCATCATAAGAGGGGCTTACCTTACAAACGGTAATGCTGAAAATAGTTTATGTTACAAAAGC]

[-] EMBL CD087034             [CAGAAAAGGATTTGAAGAAAAATTGGTAGGGGTAGCCATATGTTCCTTAGCGATGGGGTCGGGGGGTATTAAAGTATAAAATAAAATGTGTTGAAAAAAGAGTAATTTGGGGAGTAGAATGTAGAGCCCATTTTTAATAGATAAGTGGGTTTAAAAAAAATGGACCACACAGGACTCTTGTTTTTTAAAAAAATGAAAAAAAGTGCCAATTTTTTTAGTTAAAAACTAGAGTGTAAATATGAAAAATTGTTTATTTCAAACAGGCAAAGCAAATTATTTTAAGGGGGAGAGGGTGATATTAAAATCGTCAATGGGCAAAGTGAGACACTTCGTCGGTATGGTTAATAACATGACTAAATCAATGAGATCTTTCAATTAAATATGTAAGACGATATAGGAACAAAGCATTGAATAGATTTGTGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGTTGTTTTTCCAAAGCATCATAAGAGGGGCTTACCTTACAAACGGTAATGCTGAAAATAGTTTATGTTACAAAAGC]




>consensus_6469#1
CAGAAAAGGATTTGAAGAAAAATTGGTAGGGGTAGCCATATGTTCCTTAGCGATGGGGTC
GGGGGGTATTAAAGTATAAAATAAAATGTGTTGAAAAAAGAGTAATTTGGGGAGTAGAAT
GTAGAGCCCATTTTTAATAGATAAGTGGGTTTAAAAAAAATGGACCACACAGGACTCTTG
TTTTTTAAAAAAATGAAAAAAAGTGCCAATTTTTTTAGTTAAAAACTAGAGTGTAAATAT
GAAAAATTGTTTATTTCAAACAGGCAAAGCAAATTATTTTAAGGGGGAGAGGGTGATATT
AAAATCGTCAATGGGCAAAGTGAGACACTTCGTCGGTATGGTTAATAACATGACTAAATC
AATGAGATCTTTCAATTAAATATGTAAGACGATATAGGAACAAAGCATTGAATAGATTTG
TGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGTTGTTTTTCCAAAGCATCATAAGAGGGGCTTACC
TTACAAACGGTAATGCTGAAAATAGTTTATGTTACAAAAGC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6469#0      TCAGGAGAGAGTTTGATGGAGAATGCTAGTGGGTGGCC-TATGTTCCTTCTCGATAGGTA 59
consensus_6469#1      -CAGAAAAGGATTTGAAGAAAAATTGGTAGGGGTAGCCATATGTTCCTTAGCGATGGGGT 59
                       *** * **  ***** * * ***      **** *** **********  **** **  

consensus_6469#0      TCAGGCGTATGTAAGTAATTAAGTAAAAATGTTGTATGAAAAGTGAACTTTGAGGTAGCA 119
consensus_6469#1      CGGGGGGTATTAAAGTATAAAATAAAATGTGTTGAAAAAAGAGTAATTTGGGGAGTAGAA 119
                         ** ****  *****   **  ***  ***** *  ** *** *  *  *  **** *

consensus_6469#0      TGTAGAGTCCATGCTTTATAGTTAAACTGGGTTTCGAAAAATGGAGCAACCAGGACTCAG 179
consensus_6469#1      TGTAGAGCCCATTTTTAATAGATAAGTGGGTTTAAAAAAAATGGACCACACAGGACTCT- 178
                      ******* ****  ** **** ***   ** **   ********* **  ********  

consensus_6469#0      TGTTGTTTAAAA---TGTAAAACAGTGTCCAACTTTTCAGTTAAAATACTAG--TGTTAA 234
consensus_6469#1      TGTTTTTTAAAAAAATGAAAAAAAGTGCCAATTTTTTTAGTTAAAA-ACTAGAGTGTAAA 237
                      **** *******   ** **** **** * *  **** ******** *****  *** **

consensus_6469#0      TATGAAATAATGTTTAATTCTGACATGTCAAGCCAAGTCATTTTCACGGGTATGAATTGT 294
consensus_6469#1      TATGAAAAATTGTTTATTTCAAACA-GGCAAAGCAAATTATTTTAAGGGGGAGAGGGTGA 296
                      ******* * ****** ***  *** * ***  *** * ***** * *** *     ** 

consensus_6469#0      AATTTATATCGTCATTCGGCAAC-TGAGACACTTCCTCCGTATGGTTAATAACATGACTA 353
consensus_6469#1      TATTAAAATCGTCAATGGGCAAAGTGAGACACTTCGTCGGTATGGTTAATAACATGACTA 356
                       *** * ******* * *****  *********** ** *********************

consensus_6469#0      AATCAATGAGATCTTTCAACTAAATATGTAAGACGATATAGGAACGAAGCATTGAATAGA 413
consensus_6469#1      AATCAATGAGATCTTTCAATTAAATATGTAAGACGATATAGGAACAAAGCATTGAATAGA 416
                      ******************* ************************* **************

consensus_6469#0      TTTGTGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGCTGTTTTTCCAAAGCATCCTAAACGGGGCT 473
consensus_6469#1      TTTGTGTGGTAGGACTGCATCATAAGTTAGTTGTTTTTCCAAAGCATCATAAGAGGGGCT 476
                      ****************************** ***************** ***  ******

consensus_6469#0      TACCTTACAAACGGTGATGCTGAAAATAGTTTATGTTACAAAAGCTTACGTAAA 527
consensus_6469#1      TACCTTACAAACGGTAATGCTGAAAATAGTTTATGTTACAAAAGC--------- 521
                      *************** *****************************