These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_6686#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 850 fasta sequence [CGCCTAGCACAATTTATTAAACAATTATCCATTCACGAAAATTCCGCCATTCGTCAAATAGGATACAGATGTATTGGATGCTTTGTCGGTTATCTAACAGAGAATCATGAAGTGAATTATAATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTGCGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCTTCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCAGTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAATAAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGTACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAACTTACATTGAATGCCAC-CAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCTTGAATTTCTTGATATGTAAC------ATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAATTTACTGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGCCATGCAGCTGCATTACCGTACTGCGTA] [+] EMBL CD079793 [CGCCTAGCACAATTTATTAAACAATTATCCATTCACGAAAATTCCGCCATTCGTCAAATAGGATACAGATGTATTGGATGCTTTGTCGGTTATCTAACAGAGAATCATGAAGTGAATTATAATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTGCGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCTTCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCAGTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAATAAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGTACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAACTTACATTGAATGCCAC CAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCAAAANAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCTTGAATTTCTTGATATGTAAC ATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATATTTAA ] [-] EMBL CD074051 [ CATGAAGTGAATTATAATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTGCGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCTTCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCAGTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAATAAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGTACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAACTTACATTGAATGCCAC CAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCTTGAATTTCTTGATATGTAAC ATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAAT ] [-] EMBL AW017398 [ GTAAATTCTACAGTGTAAACTTACATTTAA ACTTACATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATTTATACCTTGAATTTCTTGATATGTAACATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTACATATATTTAATGTTTATTTTAAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAATTTACTGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGCCATGCAGCTGCATTACCGTACTGCGTA] consensusID : consensus_6686#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 315 fasta sequence [TAAACAAAATTGGTTTAAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTTTCCAGTGTAAACTTACATTTAAACTTACATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATTTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAATTAAATCCAACCAATCTATCCCTTGAATTTCTTGATATGTACCATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGGGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAAT] [-] EMBL CD077315 [TAAACAAAATTGGTTTAAAGTATGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTTTCCAGTGTAAACTTACATTTAAACTTACATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATTTATTCAAAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAATTAAATCCAACCAATCTATCCCTTGAATTTCTTGATATGTACCATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGGGTACATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_6686#0 CGCCTAGCACAATTTATTAAACAATTATCCATTCACGAAAATTCCGCCATTCGTCAAATA 60 consensus_6686#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6686#0 GGATACAGATGTATTGGATGCTTTGTCGGTTATCTAACAGAGAATCATGAAGTGAATTAT 120 consensus_6686#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6686#0 AATCCTAAAATGTTACTGGAGCTACTTGGAAAAGGTTTCGAACATCCTGTAATCGATGTG 180 consensus_6686#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6686#0 CGTCTATTGTCTACAGTTGTATCCAGTCATATTGCATGGCGTGTAAAATTACCAATTCCT 240 consensus_6686#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6686#0 TCTTGGTTATGTACATTTGTAATTATACTTCTTAGCGGAATAAAAGATAAAAATAGTGCA 300 consensus_6686#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6686#0 GTACGACTTGGAAGTGAAACAGCTTTAGCCGTACTGTGTCGTTTAAATGCTCCAAAAAAT 360 consensus_6686#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6686#0 AAAGATCAAAACCTTAATTCTGAATATTTACAAGCTTGTTACGACCTATTGGATAATAGT 420 consensus_6686#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6686#0 ACACGTAATCAACTAGAAACACTTATACAACGACTTCGTAAACAAAATTGGTCTGAAGTA 480 consensus_6686#1 --------------------------------------TAAACAAAATTGGTTTAAAGTA 22 ************** * ***** consensus_6686#0 TGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTCTACAGTGTAAA 540 consensus_6686#1 TGGCGTCAAGGTTGCCCAGATATGGATAATACAATTTCATTGTAAATTTTCCAGTGTAAA 82 ************************************************ * ********* consensus_6686#0 CTTACATTGAATGCCACCAAATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATCTATTCA 600 consensus_6686#1 CTTACATTTAAACTTAC---ATTCAAGCCTTTTTTGTTTTCTTACTGTACGATTTATTCA 139 ******** ** ** ********************************* ****** consensus_6686#0 AAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAACTAAATCCAAACAATCTATACCT 660 consensus_6686#1 AAAAAAATGTATTTGAGTTAATTGTATCCATACGTAATTAAATCCAACCAATCTATCCCT 199 ************************************* ********* ******** *** consensus_6686#0 TGAATTTCTTGATATGTA------ACATATATATATGTATATGTATATATATATGCGTAC 714 consensus_6686#1 TGAATTTCTTGATATGTACCATATATATATATATATGTATATGTATATATATATGGGTAC 259 ****************** * ***************************** **** consensus_6686#0 ATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAATTTAC 774 consensus_6686#1 ATATATTTAATGTTTATTTTTAGCTTTTATTGATTCAATTTTCATTTTAAAAAAAT---- 315 ******************************************************** consensus_6686#0 TGCACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGCCATGCAGCTGC 834 consensus_6686#1 ------------------------------------------------------------ consensus_6686#0 ATTACCGTACTGCGTA 850 consensus_6686#1 ---------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||