cluster # 6913

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Schistosoma mansoni
cluster # 6913 cluster # 6913 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_6913#0 length = 870 sequences # 3

consensus_6913#1 length = 627 sequences # 1

consensusID : consensus_6913#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 870
fasta sequence

                              [CAGACTAGGTAGATCGAATTGGCAAGAAGATTCAAGAAAATCAACTCCACCAGTCGTGGTGAAAAGACATATTCCATTATCAGGCTTAGCTAGATTATGGTATTCGTTGATGCATGATAAATCTGATGAATTCAATTCCCACGATGTGAATCAAGACTTAACCCATGAAAATGATCATGAACATCATGACATTTACTTTCTAACTTCGGATGGAATTATTACTTCTGTATCGAACCATGGGTATGAAAACTGGCGTGTAAGTTCTGAAGTTTCCTGGTTACAAGTTTCACGAACCTTAGGAACACTTGGGTCTCATGGAGAGGAAAGATCTGTTGATAAGCATTTAAATGACCTGTACATAGATCACTTTCGTCCCTCGTTAACTGCCATCAATCTTGCATCTTTAGGACAAGGA-TTTTTTCATGATCTTAGCCTATTTTCCAAGATAAAGCCCACTATACCTACTATTCCATTACTGGTTTCTACCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTACTGGCTGCTCACAGACTCCCAACTCAACCAACTGGTCAACCTATTGTTATTTCACTTGCACTATCCAATACAACTAAGCTGTCAGAAGTTGTAAATGTCCCTACTATATTGTTGGTTCCATGTAATGATATAGTTGTTGGTTTTGCTTTGGTACAAAGTCTACGCATATCGCTTTTGATACCTTTGATAATTAGTTTGACTGTATCATTCTTTGTGCTTACATGGTGTTGTGATTTGGATGCTACAAACTCTTAGTATTAATATCATTCTGTTTTTGAATAGGTATAGTTAATGTTTTGTAAGTATGATTCTCGCTATTTCTGCGGTTTTTTCTAATT]

[+] EMBL CD194571             [CAGACTAGGTAGATCGAATTGGCAAGAAGATTCAAGAAAATCAACTCCACCAGTCGTGGTGAAAAGACATATTCCATTATCAGGCTTAGCTAGATTATGGTATTCGTTGATGCATGATAAATCTGATGAATTCAATTCCCACGATGTGAATCAAGACTTAACCCATGAAAATGATCATGAACATCATGACATTTACTTTCTAACTTCGGATGGAATTATTACTTCTGTATCGAACCATGGGTATGAAAACTGGCGTGTAAGTTCTGAAGTTTCCTGGTTACAAGTTTCACGAACCTTAGGAACACTTGGGTCTCATGGAGAGGAAAGATCTGTTGATAAGCATTTAAATGACCTGTACATAGATCATTTTCGTCCCTCGTTAACTGCCATCAATCTTGCATCTTTAGGACAAGGA TTTTTTCATGATCTTAGCCTATTTTCCAAGATAAAGCCCACTATACCTACTATTCCATTACTGGTTTCTACCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTACTGGCTGCTCACAGACTCCCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD116870             [                   TGGCAAGAAGATTCAAGAAAATCAACTCCACCAGTCGTGGTGAAAAGACATATTCCATTATCAGGCTTAGCTAGATTATGGTATTCGTTGATGCATGATAAATCTGATGAATTCAATTCCCACGATGTGAATCAAGATTTAACCCATGAAAATGATCATGAACATCATGACATTTACTTTCTAACTTCGGATGGAATTATTACTTCTGTATCGAACCATGGGTATGAAAACTGGCGTGTAAGTTCTGAAGTTTCCTGGTTACAAGTTTCACGAACCTTAGGAACACTTGCGTCTCATGGAGAGGAAAGATCTGTTGATAAGCATTTAAATGACCTGTACATAGATCACTTTCGTCCCTCGTTAACTGCCATCAATCTTGCATCTTTAGGACAAGGATTTTTTTCATGATCTTAGCCTATTTTCCAAGATAAAGCCCACTATACCTACTATTCCATTACTGGTTTCTACCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTACTGGCTGCTCACAGACTCCCAACTCAAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD084184             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTAATGACCTGTACATAGATCACTTTCGTCCCTCGTTAACTGCCATCAATCTTGCATCTTTAGGACAAGGA TTTTTTCATGATCTTAGCCTATTTTCCAAGATAAAGCCCACTATACCTACTATTCCATTACTGGTTTCTACCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTATTGGCTGCTCACAGACTCCCAACTCAACCAACTGGTCAACCTATTGTTATTTCACTTGCACTATCCAATACAACTAAGCTGTCAGAAGTTGTAAATGTCCCTACTATATTGTTGGTTCCATGTAATGATATAGTTGTTGGTTTTGCTTTGGTACAAAGTCTACGCATATCGCTTTTGATACCTTTGATAATTAGTTTGACTGTATCATTCTTTGTGCTTACATGGTGTTGTGATTTGGATGCTACAAACTCTTAGTATTAATATCATTCTGTTTTTGAATAGGTATAGTTAATGTTTTGTAAGTATGATTCTCGCTATTTCTGCGGTTTTTTCTAATT]




>consensus_6913#0
CAGACTAGGTAGATCGAATTGGCAAGAAGATTCAAGAAAATCAACTCCACCAGTCGTGGT
GAAAAGACATATTCCATTATCAGGCTTAGCTAGATTATGGTATTCGTTGATGCATGATAA
ATCTGATGAATTCAATTCCCACGATGTGAATCAAGACTTAACCCATGAAAATGATCATGA
ACATCATGACATTTACTTTCTAACTTCGGATGGAATTATTACTTCTGTATCGAACCATGG
GTATGAAAACTGGCGTGTAAGTTCTGAAGTTTCCTGGTTACAAGTTTCACGAACCTTAGG
AACACTTGGGTCTCATGGAGAGGAAAGATCTGTTGATAAGCATTTAAATGACCTGTACAT
AGATCACTTTCGTCCCTCGTTAACTGCCATCAATCTTGCATCTTTAGGACAAGGATTTTT
TCATGATCTTAGCCTATTTTCCAAGATAAAGCCCACTATACCTACTATTCCATTACTGGT
TTCTACCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTACTGGCTGC
TCACAGACTCCCAACTCAACCAACTGGTCAACCTATTGTTATTTCACTTGCACTATCCAA
TACAACTAAGCTGTCAGAAGTTGTAAATGTCCCTACTATATTGTTGGTTCCATGTAATGA
TATAGTTGTTGGTTTTGCTTTGGTACAAAGTCTACGCATATCGCTTTTGATACCTTTGAT
AATTAGTTTGACTGTATCATTCTTTGTGCTTACATGGTGTTGTGATTTGGATGCTACAAA
CTCTTAGTATTAATATCATTCTGTTTTTGAATAGGTATAGTTAATGTTTTGTAAGTATGA
TTCTCGCTATTTCTGCGGTTTTTTCTAATT

consensusID : consensus_6913#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 627
fasta sequence

                              [CTCGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGCCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTATTGGCTGCTCACAGACTCCCAACTCAACCAACTGGTCAACCTATTGTTATTTCACTTGCACTATCCAATACAACTAAGCTGTCAGAAGTTGTAAATGTCCCTACTATATTGTTGGTTCCATGTAATGATATAGTTGTTGGTTTTGCTTTGGTACAAAGTCTACGCATATCGCTTTTGATACCTTTGATAATTAGTTTGACTGTATCATTCTTTGTGCTTACATGGTGTTGTGATTTGGATGCTACAAACTCTTAGTATTAATATCATTCTGTTTTTGAATAGGTATAGTTAATGTTTTGTAAGTATGATTCTCGCTATTTCTGCGGTTTTTTCTAATTTTATGTGCCAACACATTTCATTGAGTACTATTTGCCTTAACCATCATTACTTTAAGTCAGTTGGTCAACGCTGGTTTGGATCTGTTATTGTTATAGTCCGTTGTATTTCTTTCTAATGGTCTTCTCATTTGATTTCTTTTGTTATACTTGTGTATTTTTTAGTCGTGATAAAACAATTCATCACATGGGATGACAGATAATAAATTTGATAAGATT]

[+] EMBL CD080090             [CTCGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGCCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTATTGGCTGCTCACAGACTCCCAACTCAACCAACTGGTCAACCTATTGTTATTTCACTTGCACTATCCAATACAACTAAGCTGTCAGAAGTTGTAAATGTCCCTACTATATTGTTGGTTCCATGTAATGATATAGTTGTTGGTTTTGCTTTGGTACAAAGTCTACGCATATCGCTTTTGATACCTTTGATAATTAGTTTGACTGTATCATTCTTTGTGCTTACATGGTGTTGTGATTTGGATGCTACAAACTCTTAGTATTAATATCATTCTGTTTTTGAATAGGTATAGTTAATGTTTTGTAAGTATGATTCTCGCTATTTCTGCGGTTTTTTCTAATTTTATGTGCCAACACATTTCATTGAGTACTATTTGCCTTAACCATCATTACTTTAAGTCAGTTGGTCAACGCTGGTTTGGATCTGTTATTGTTATAGTCCGTTGTATTTCTTTCTAATGGTCTTCTCATTTGATTTCTTTTGTTATACTTGTGTATTTTTTAGTCGTGATAAAACAATTCATCACATGGGATGACAGATAATAAATTTGATAAGATT]




>consensus_6913#1
CTCGAGGCCAAAAATTCGGCACGAGGCCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAAC
TAATGGTAAATTATTGGCTGCTCACAGACTCCCAACTCAACCAACTGGTCAACCTATTGT
TATTTCACTTGCACTATCCAATACAACTAAGCTGTCAGAAGTTGTAAATGTCCCTACTAT
ATTGTTGGTTCCATGTAATGATATAGTTGTTGGTTTTGCTTTGGTACAAAGTCTACGCAT
ATCGCTTTTGATACCTTTGATAATTAGTTTGACTGTATCATTCTTTGTGCTTACATGGTG
TTGTGATTTGGATGCTACAAACTCTTAGTATTAATATCATTCTGTTTTTGAATAGGTATA
GTTAATGTTTTGTAAGTATGATTCTCGCTATTTCTGCGGTTTTTTCTAATTTTATGTGCC
AACACATTTCATTGAGTACTATTTGCCTTAACCATCATTACTTTAAGTCAGTTGGTCAAC
GCTGGTTTGGATCTGTTATTGTTATAGTCCGTTGTATTTCTTTCTAATGGTCTTCTCATT
TGATTTCTTTTGTTATACTTGTGTATTTTTTAGTCGTGATAAAACAATTCATCACATGGG
ATGACAGATAATAAATTTGATAAGATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6913#0      CAGACTAGGTAGATCGAATTGGCAAGAAGATTCAAGAAAATCAACTCCACCAGTCGTGGT 60
consensus_6913#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6913#0      GAAAAGACATATTCCATTATCAGGCTTAGCTAGATTATGGTATTCGTTGATGCATGATAA 120
consensus_6913#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6913#0      ATCTGATGAATTCAATTCCCACGATGTGAATCAAGACTTAACCCATGAAAATGATCATGA 180
consensus_6913#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6913#0      ACATCATGACATTTACTTTCTAACTTCGGATGGAATTATTACTTCTGTATCGAACCATGG 240
consensus_6913#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6913#0      GTATGAAAACTGGCGTGTAAGTTCTGAAGTTTCCTGGTTACAAGTTTCACGAACCTTAGG 300
consensus_6913#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6913#0      AACACTTGGGTCTCATGGAGAGGAAAGATCTGTTGATAAGCATTTAAATGACCTGTACAT 360
consensus_6913#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6913#0      AGATCACTTTCGTCCCTCGTTAACTGCCATCAATCTTGCATCTTTAGGACAAGGATTTTT 420
consensus_6913#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6913#0      TCATGATCTTAGCCTATTTTCCAAGATAAAGCCCACTATACCTACTATTCCATTACTGGT 480
consensus_6913#1      ---------------------------------CTCGAGGCCAAAAATTC-GGCACGAG- 25
                                                       * * *  ** *  ****    **  * 

consensus_6913#0      TTCTACCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTACTGGCTGC 540
consensus_6913#1      ----GCCGGATGGGATTCTGTTGGTGTTGTTGATCGAACTAATGGTAAATTATTGGCTGC 81
                           *********************************************** *******

consensus_6913#0      TCACAGACTCCCAACTCAACCAACTGGTCAACCTATTGTTATTTCACTTGCACTATCCAA 600
consensus_6913#1      TCACAGACTCCCAACTCAACCAACTGGTCAACCTATTGTTATTTCACTTGCACTATCCAA 141
                      ************************************************************

consensus_6913#0      TACAACTAAGCTGTCAGAAGTTGTAAATGTCCCTACTATATTGTTGGTTCCATGTAATGA 660
consensus_6913#1      TACAACTAAGCTGTCAGAAGTTGTAAATGTCCCTACTATATTGTTGGTTCCATGTAATGA 201
                      ************************************************************

consensus_6913#0      TATAGTTGTTGGTTTTGCTTTGGTACAAAGTCTACGCATATCGCTTTTGATACCTTTGAT 720
consensus_6913#1      TATAGTTGTTGGTTTTGCTTTGGTACAAAGTCTACGCATATCGCTTTTGATACCTTTGAT 261
                      ************************************************************

consensus_6913#0      AATTAGTTTGACTGTATCATTCTTTGTGCTTACATGGTGTTGTGATTTGGATGCTACAAA 780
consensus_6913#1      AATTAGTTTGACTGTATCATTCTTTGTGCTTACATGGTGTTGTGATTTGGATGCTACAAA 321
                      ************************************************************

consensus_6913#0      CTCTTAGTATTAATATCATTCTGTTTTTGAATAGGTATAGTTAATGTTTTGTAAGTATGA 840
consensus_6913#1      CTCTTAGTATTAATATCATTCTGTTTTTGAATAGGTATAGTTAATGTTTTGTAAGTATGA 381
                      ************************************************************

consensus_6913#0      TTCTCGCTATTTCTGCGGTTTTTTCTAATT------------------------------ 870
consensus_6913#1      TTCTCGCTATTTCTGCGGTTTTTTCTAATTTTATGTGCCAACACATTTCATTGAGTACTA 441
                      ******************************                              

consensus_6913#0      ------------------------------------------------------------
consensus_6913#1      TTTGCCTTAACCATCATTACTTTAAGTCAGTTGGTCAACGCTGGTTTGGATCTGTTATTG 501
                                                                                  

consensus_6913#0      ------------------------------------------------------------
consensus_6913#1      TTATAGTCCGTTGTATTTCTTTCTAATGGTCTTCTCATTTGATTTCTTTTGTTATACTTG 561
                                                                                  

consensus_6913#0      ------------------------------------------------------------
consensus_6913#1      TGTATTTTTTAGTCGTGATAAAACAATTCATCACATGGGATGACAGATAATAAATTTGAT 621
                                                                                  

consensus_6913#0      ------
consensus_6913#1      AAGATT 627