These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_7181#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 365 fasta sequence [AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGATTTGA] [+] EMBL CD114849 [AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCTGTTTAATGATTTG ] [+] EMBL CD114940 [AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGATTTG ] [+] EMBL CD114843 [AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCTACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGATTTG ] [-] EMBL CD115081 [ ATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACTGGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTCTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGCTCTTCTAGTTGAATGAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCACTCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTATCATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATGATTTGA] consensusID : consensus_7181#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 251 fasta sequence [CAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAAGCAATTGTTACGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTNAATATGAATGCTACAGGGTCTNCTAGTTGAATGAATTAGTATTTCCCTCTTTCCATTAATATCGGAANTAANATATTGANTNGNACATTCACTCCACTGACTTACTTCTCAACACTATAATCTNTATTATTTNCANTTNTTATCACTACTATCACGTGGGGCTACTCTTAT] [+] EMBL SM7111 [CAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAAGCAATTGTTACGTTTTTTCATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTNAATATGAATGCTACAGGGTCTNCTAGTTGAATGAATTAGTATTTCCCTCTTTCCATTAATATCGGAANTAANATATTGANTNGNACATTCACTCCACTGACTTACTTCTCAACACTATAATCTNTATTATTTNCANTTNTTATCACTACTATCACGTGGGGCTACTCTTAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_7181#0 AATTCTGGATGGACAGCTGTAGTATCTGAAGATGGAACACGTCAAGGTTTTGTTCCAACT 60 consensus_7181#1 ------------------------------------------------------------ consensus_7181#0 GGTTATATCAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAATCAATTGTTAAGTTTTTTC 120 consensus_7181#1 --------CAATTTAACCCTATATTGAATTATCACCTTTAAGCAATTGTTACGTTTTTTC 52 ********************************* ********* ******** consensus_7181#0 ATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTTAATATGAATGCTACAGC-TCTTCTAGTTGAAT 179 consensus_7181#1 ATTTCCATCTTCCCCTAATTTTACTGTNAATATGAATGCTACAGGGTCTNCTAGTTGAAT 112 *************************** **************** *** ********** consensus_7181#0 GAATTAGTATTTTCCTCTTTTCATTAATATTGGAAATAATATATTGATTTGTACATTCAC 239 consensus_7181#1 GAATTAGTATTTCCCTCTTTCCATTAATATCGGAANTAANATATTGANTNGNACATTCAC 172 ************ ******* ********* **** *** ******* * * ******** consensus_7181#0 TCCACTGACTTAATTCTTAACACTATAATCTTTATTATTTTCAATTATTATCACTACTAT 299 consensus_7181#1 TCCACTGACTTACTTCTCAACACTATAATCTNTATTATTTNCANTTNTTATCACTACTAT 232 ************ **** ************* ******** ** ** ************* consensus_7181#0 CATGTTTGTCTACTCTTATTCTCTGATAGTTGACTTAAAGTCTACAAAATCAGTTTAATG 359 consensus_7181#1 CACGTGGGGCTACTCTTAT----------------------------------------- 251 ** ** * ********** consensus_7181#0 ATTTGA 365 consensus_7181#1 ------ |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||