These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_8221#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 453 fasta sequence [GGCTAATAATTTACA-TTTA-GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAATAACAATAATC] [+] EMBL CD147906 [ GCTAATAATTTACA TTTA GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTCTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAATTACAATAATC] [+] EMBL CD147894 [ GCTAATAATTTACA TTTA GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATCGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTGGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAATA ] [+] EMBL CD147910 [ GCTAATAATTTACA TTTA GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTCGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTCTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAA ] [+] EMBL CD147745 [ GCTAATAATTTACA TTTA GACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATT ] [+] EMBL CD147342 [gtCTATTAATTTACACTTTACGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTCCAGTTGAATTTAACTTCTCTGATTTTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCTTATTGTTGTCATGTCGTGGTAGTACATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTTTTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTTGTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGNTTATTGGTGGAATATGTTCATTACACCAAGAACAATACCAATAAT ] consensusID : consensus_8221#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 356 fasta sequence [CCAACCACAAGCTATAGATGTAGCACCACCACCACCACCTTCTCCGGTAGTTGGTTCTGAGTTCAACGGACAAGCAGTGTGTTTTCCAATTGGACGATGTACAAGGCAATAAGCACGTTTACATTTTGGACATTTACTATTTGATAAAGATAGGCCATCACTATCAGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTACGCTTTTTTAAGATAAATTGATAAACAAAGTTCAT] [-] EMBL CD191616 [CCAACCACAAGCTATAGATGTAGCACCACCACCACCACCTTCTCCGGTAGTTGGTTCTGAGTTCAACGGACAAGCAGTGTGTTTTCCAATTGGACGATGTACAAGGCAATAAGCACGTTTACATTTTGGACATTTACTATTTGATAAAGATAGGCCATCACTATCAGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTCTACATCATTTGGATGAACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTACGCTTTTTTAAGATAAATTGATAAACAAAGTTCAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_8221#0 GGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCATAAACGTTGCATAAGTTTTATCATTGCTTC 60 consensus_8221#1 ----------------CCAACCACAAGCTATAGATGTAGCACCACCACCACCAC--CTTC 42 * * * *** * ** *** * * ** **** consensus_8221#0 TACATCATTTGGATG-AACTTCACCGAGTTTAGCTGATGCAGTTTTTGCTTTTATCGTTG 119 consensus_8221#1 TCCGGTAGTTGGTTCTGAGTTCAACGGA--CAAGCAGTGTGTTTTCCAATTGGACGATGT 100 * * * **** * * **** ** * ** *** ** * * consensus_8221#0 GATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTTAGTTGAATTTAACTTCTCTGATT 179 consensus_8221#1 ACAAGGCAATAAGCACGTTTACATTTTGGACATTTACTATTTGATAAAGATAGGCCATCA 160 *** * *** **** * * * ** ** * * * consensus_8221#0 TTGTATCACGACGATTACGACTTTGACTACGTGAATGAAATATTAATTCATTCTTCTTCT 239 consensus_8221#1 CTATCAGCTAATAATTTACATTTAGACTCTGTGCAT-AAACGTTG---CATAAGTTTTAT 216 * * * *** * ** **** *** ** *** ** *** * ** * consensus_8221#0 TATTGTTGTTATGTTGTTGTTGTTCATTCTTCAATGGTGGTAGACCTAAACGTAGACGTT 299 consensus_8221#1 CATTGCTTCTACATCAT--TTGGATGAACTTCACCG-------AGTTTAGCTGATGCAGT 267 **** * ** * * *** ***** * * * * * * * * consensus_8221#0 TTTTAGCTTCAATATGTAATTGATGTTGTTTTAATCGAGTTTTGAGTTCAGTTTCGATTT 359 consensus_8221#1 TTTTGCTTTTATCGTTGGATTATTGATATCTAGTGTTAACTTTTCCTCTTGTTACGCTT- 326 **** ** * * *** ** * * * * *** * *** ** ** consensus_8221#0 GTTTTTGTTGAACACCAGCACGACAAATTGCTTCATGCCCACATTGGCTTATTGGTGGAA 419 consensus_8221#1 --TTTTAAGATAAATTGATA-AACAAAGTTCAT--------------------------- 356 **** * * * ***** * * * consensus_8221#0 TATGTTCATTACACCAAGAACAATAACAATAATC 453 consensus_8221#1 ---------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||