cluster # 8337

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Schistosoma mansoni
cluster # 8337 cluster # 8337 Sequences # 6 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_8337#0 length = 741 sequences # 5

consensus_8337#1 length = 451 sequences # 1

consensusID : consensus_8337#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 741
fasta sequence

                              [GGTTTATTACTCCTGAGTTGTCAATCATCTAGTTGTGTCAGAGATATTCGGCT-TACATTTTATTCTCTTTCACAATCGTTTCTAGTGGTTAATTAACTGGGATTCATTGGTTTAAGTATCCAAAAAGTAATTAATAGAACTTTTTACTTCCCGTAACTAAGTTTGTGTGCTCAGGTGCTTTGTTAATCCCTGACTTAAGTTAATCCATCTTTGTGTATCTAAGATTTAAGACATCTTGTGTTAATCTATAGGCTAGAAATAAATAAATATGACATTCTTGATG-AAGATCCAAGGTCTTGACAATTACATTGTCAGTTTCTTAGTAAAGATAACACTATTTTGTTCCTCCGTCACTATTTTTGGTAATTTGTTGTTATGAACAAAAATATTTCGTTATCACTGTGGTAAACTATGTGTTCGTGATTGTACAGTTTTGAGAATAAATTCTGTGGAAAGAGAATATTTCGTCCGACTAAAATGTCGTGTTCCGTTAGATATGTTACATAATATTAATTAATTTCACCGATACCCTACTCATTTCGATCTATGAAGAAGCGTTTGCAGGTCGATAAATATNGTATTAATCTTGATAC-TTAAAACAATGTTTATATCTTTAAATGTTTTGATCCTGTAGCTTCCGGCTTATTCACCTGCCTCTGTGTCCATACTATTGAACCCGTCTGATCGGGGAAAAGAAATTTTGAGTCTTTTGATTTTCTGTAATATTTTATTTTGCTTATA]

[+] EMBL CD202090             [GGTTTATTACTCCTGAGTTGTCAATCATCTAGTTGTGTCATAGCTGTTC CCTGTACATAAAATTCTCTTTCACAATCGTTTCTAGTGGTTAATTAACTGGGATTCATTGGTTTAAGTATCCAAAAAGTAATTAATAGAACTTTTTACTTCCCGTAACTAAGTTTGTGTGCTCAGGTGCTTTGTTAATCCCTGACTTAAGTTAATCCATCTTTGTGTATCTAAGATTTAAGACATCTTGTGTTAATCTATAGGCTAGAAATAAATAAATATGACATTCTTGATG AAGATCCAAGGTCTTGACAATTACATTGTCAGTTTCTTAGTAAAGATAACACTATTTTGTTCCTCCGTCACTATTTTTGGTAATTTGTTGTTATGAACAAAAATATTTCGTTATCACTGTGGTAAACTATGTGTTCGTGATTGTACAGTTTTGAGAATAAATTCTGTGGAAAGAGAATATTTCGTCCGACTAAAATGTCGTGTTCCGTTAGATATGTTACATAATATTAATTAATTTCACCGATACCCTACTCATTTCGATCTATGAAGAAGCGTTTGCAGGTCGATAAATATNGTATTAATCTTGATAC TTAAAACAATGTTTATATCTTTAAATGTTTTGATCCTGT                                                                                                             ]
[+] EMBL CD097651             [GGTTTATTACTCCTGAGTTGTCAATCATCTAGTTGTGTCAGAGATATTCGGCT TACATTTTATTCTCTTTCACAATCGTTTCTAGTGGTTAATTAACTGGGATTCATTGGTTTAAGTATCCAAAAAGTAATTAATAGATCTTTTTACTTCCCGTAACTAAGTTTGTGTGCTCAGGTGCTTTGTTAATCCCTGACTTAAGTTAAACCATCTTTGTGTATCTAAGATTTGAGACATCTTGTGTTAATCTATAGGCTAGAAATAAATAAATATGACATTCTTGATG AAGATCCAAGGTCTTGACAATTACATTGTCAGTTTCTTAGTAAAGATAACACTATTTTGTTCCTCCGTCACTATTTTTGGTAATTTGTTGTTATGAACAAAAATATTTCGTTATCACTGTGGTAAACTATGTGTTCGTGATTGTACAGTTTTGAGAATAAATTCTGTGGAAAGAGAATATTTCGTCCGACTAAAATGTCGTGTTCCGTTAGATATGTTACATAATATTAATTAAT                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CD072089             [GGTTTATTACTCCTGAGTTGTCAATCATCTAGTTGTGTCAGAGATATTCGGCT TACATTTTATTCTCTTTCACAATCGTTTCTAGTGGTTAATTAACTGGGATTCATTGGTTTAAGTATCCAAAAAGTAATTAATAGAACTTTTTACTTCCCGTAACTAAGTTTGTGTGCTCAGGTGCTTTGTTAATCCCTGACTTAAGTTAATCCATCTTTGTGTATCTAAGATTTAAGACATCTTGTGTTAATCTATAGGCTAGAAATAAAATAATATGACATTCTTGATGAAAGATCC AGGTCTTGACAATTACATTGTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD072107             [GGTTTATTACTCCTGAGTTGTCAATCATCTAGTTGTGTCAGAGATATTCGGCT TACATTTTATTCTCTTTCACAATCGTTTCTAGTGGTTAATTAACTGGGATTCATTGGTTTAAGTATCCAAAAAGTAATTAATAGAACTTTTTACTTCCCGTAACTAAGTTTGTGTACTCAGGTGCTTTGTTAATCCCTGACTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[+] EMBL CD067497             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgTGCATGTCGATAAATATGTTATTAATCTTGATACTTTAAAACAATGTTTATATCTTTAAATGTTTTGATCCTGTAGCTTCCGGCTTATTCACCTGCCTCTGTGTCCATACTATTGAACCCGTCTGATCGGGGAAAAGAAATTTTGAGTCTTTTGATTTTCTGTAATATTTTATTTTGCTTATA]




>consensus_8337#0
GGTTTATTACTCCTGAGTTGTCAATCATCTAGTTGTGTCAGAGATATTCGGCTTACATTT
TATTCTCTTTCACAATCGTTTCTAGTGGTTAATTAACTGGGATTCATTGGTTTAAGTATC
CAAAAAGTAATTAATAGAACTTTTTACTTCCCGTAACTAAGTTTGTGTGCTCAGGTGCTT
TGTTAATCCCTGACTTAAGTTAATCCATCTTTGTGTATCTAAGATTTAAGACATCTTGTG
TTAATCTATAGGCTAGAAATAAATAAATATGACATTCTTGATGAAGATCCAAGGTCTTGA
CAATTACATTGTCAGTTTCTTAGTAAAGATAACACTATTTTGTTCCTCCGTCACTATTTT
TGGTAATTTGTTGTTATGAACAAAAATATTTCGTTATCACTGTGGTAAACTATGTGTTCG
TGATTGTACAGTTTTGAGAATAAATTCTGTGGAAAGAGAATATTTCGTCCGACTAAAATG
TCGTGTTCCGTTAGATATGTTACATAATATTAATTAATTTCACCGATACCCTACTCATTT
CGATCTATGAAGAAGCGTTTGCAGGTCGATAAATATNGTATTAATCTTGATACTTAAAAC
AATGTTTATATCTTTAAATGTTTTGATCCTGTAGCTTCCGGCTTATTCACCTGCCTCTGT
GTCCATACTATTGAACCCGTCTGATCGGGGAAAAGAAATTTTGAGTCTTTTGATTTTCTG
TAATATTTTATTTTGCTTATA

consensusID : consensus_8337#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 451
fasta sequence

                              [GTATTAGTGGATCCGGACTATGTCAAACATAGAAAGGTATTTGTACATCTTTTGGGTGCGTTCTGGTATGGCCGGGACGAAGTCGATTTGCTTGGACTGAACTACCATAAAGATCTTTGCCTAATGACTAAACAAGTGTATCCACCATTTGGCTCCAAGGTATTGAAGTCTCATATACCAATTCTTTTATCTGAAAATGGAAACGCCACTGAGCTGTCATCAAATTTACTACACAAGTTCACTGAACCTCCGGGACGCACTCGATTACAGGAACGTCTAATTCGAAAACTTGGTTCAAATGCTTTTCCTTTCTACTTCCAGCTTCCGGCTTATTCACCTGCCTCTGTGTCCATACTATTGAACCCGTCTGATCGTGGAAAACGTTGTCGAGTTGAATATGAATTAAAGGTGTATGTAGCTGATGATCAGGATGATAAACCACAAAAAAGGA]

[+] EMBL CD137464             [GTATTAGTGGATCCGGACTATGTCAAACATAGAAAGGTATTTGTACATCTTTTGGGTGCGTTCTGGTATGGCCGGGACGAAGTCGATTTGCTTGGACTGAACTACCATAAAGATCTTTGCCTAATGACTAAACAAGTGTATCCACCATTTGGCTCCAAGGTATTGAAGTCTCATATACCAATTCTTTTATCTGAAAATGGAAACGCCACTGAGCTGTCATCAAATTTACTACACAAGTTCACTGAACCTCCGGGACGCACTCGATTACAGGAACGTCTAATTCGAAAACTTGGTTCAAATGCTTTTCCTTTCTACTTCCAGCTTCCGGCTTATTCACCTGCCTCTGTGTCCATACTATTGAACCCGTCTGATCGTGGAAAACGTTGTCGAGTTGAATATGAATTAAAGGTGTATGTAGCTGATGATCAGGATGATAAACCACAAAAAAGGA]




>consensus_8337#1
GTATTAGTGGATCCGGACTATGTCAAACATAGAAAGGTATTTGTACATCTTTTGGGTGCG
TTCTGGTATGGCCGGGACGAAGTCGATTTGCTTGGACTGAACTACCATAAAGATCTTTGC
CTAATGACTAAACAAGTGTATCCACCATTTGGCTCCAAGGTATTGAAGTCTCATATACCA
ATTCTTTTATCTGAAAATGGAAACGCCACTGAGCTGTCATCAAATTTACTACACAAGTTC
ACTGAACCTCCGGGACGCACTCGATTACAGGAACGTCTAATTCGAAAACTTGGTTCAAAT
GCTTTTCCTTTCTACTTCCAGCTTCCGGCTTATTCACCTGCCTCTGTGTCCATACTATTG
AACCCGTCTGATCGTGGAAAACGTTGTCGAGTTGAATATGAATTAAAGGTGTATGTAGCT
GATGATCAGGATGATAAACCACAAAAAAGGA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_8337#0      GGTTTATTACTCCTGAGTTGTCAATCATCTAGTTGTGTCAGAGATATTCGGCTTACATTT 60
consensus_8337#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8337#0      TATTCTCTTTCACAATCGTTTCTAGTGGTTAATTAACTGGGATTCATTGGTTTAAGTATC 120
consensus_8337#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8337#0      CAAAAAGTAATTAATAGAACTTTTTACTTCCCGTAACTAAGTTTGTGTGCTCAGGTGCTT 180
consensus_8337#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8337#0      TGTTAATCCCTGACTTAAGTTAATCCATCTTTGTGTATCTAAGATTTAAGACATCTTGTG 240
consensus_8337#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8337#0      TTAATCTATAGGCTAGAAATAAATAAATATGACATTCTTGATGAAGATCCAAGGTCTTGA 300
consensus_8337#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_8337#0      CAATTACATTGTCAGTTTCTTAGTAAAGATAACACTATTTTGTTCCTCCGTCACTATTTT 360
consensus_8337#1      -----GTATTAGTGGATCCGGACTATGTCAAACATAGAAAGGTATTTGT---ACATCTTT 52
                             ***    * * *  * **     ****       **   *     **   ***

consensus_8337#0      TGGTAATTTGTTGTTATGAACAAAAATATTTCGTTATCACTGTGGTAAACTATGTGTTCG 420
consensus_8337#1      TGGGTGCGTTCTGGTATGGCCGGGACGAAGTCGATTTGCTTGGACTGAACTAC-----CA 107
                      ***     *  ** ****  *   *  *  *** * *   **   * *****      * 

consensus_8337#0      TGATTGTACAGTTTTGAGAATAAATTCTGTGGAAAGAGAATATTTCGTCCG---ACTAAA 477
consensus_8337#1      TAAAGATCTTTGCCTAATGACTAAACAAGTGTATCCACCATTTGGCTCCAAGGTATTGAA 167
                      * *   *       * *  *  **    *** *   *  ** *  *  *     * * **

consensus_8337#0      ATGTCGTGTTCCGTTAGATATGTTACATAATATTAAT-TAATTTCACCGATACCCTACTC 536
consensus_8337#1      GTCTCATATACCAATTCTTTTATCTGAAAATGGAAACGCCACTGAGCTGTCATCAAATTT 227
                       * ** * * **  *   * * *   * ***   **    * *   * *  * *  * * 

consensus_8337#0      ATTTCGATCTATGAAGAAGCGTTTGCAGGTCGATAAATATNGTATTAATCTTGATACTTA 596
consensus_8337#1      ACTACACAAGTTCACTGAAC--CTCCGGGACGCACTCGATTACAGGAACGTCTAATTCGA 285
                      * * *      * *   * *   * * ** **      **   *  **  *  *     *

consensus_8337#0      AAACAATGTTTATATCTTTAAATGTTTTGATCCTGTAGCTTCCGGCTTATTCACCTGCCT 656
consensus_8337#1      AAACTTGGTTCAAATGCTTT--TCCTTTCTACTTCCAGCTTCCGGCTTATTCACCTGCCT 343
                      ****   *** * **  **   *  ***   * *  ************************

consensus_8337#0      CTGTGTCCATACTATTGAACCCGTCTGATCGGGGAAAAGAAATTTTGAGTCTTTTGATTT 716
consensus_8337#1      CTGTGTCCATACTATTGAACCCGTCTGATCGTGGAAAACGT-TGTCGAG---TTGAATAT 399
                      ******************************* ******    * * ***   **  ** *

consensus_8337#0      TCTGTAATATTTTATTTTGCTTATA--------------------------- 741
consensus_8337#1      GAATTAAAGGTGTATGTAGCTGATGATCAGGATGATAAACCACAAAAAAGGA 451
                          ***   * *** * *** **