These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9748#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 936 fasta sequence [CTCGAGGGCCAAAATTCGGCACGAGGTGAACCTGACT-ACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGAGCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATGGTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTTGGGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAGCTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTCCTTCGTCATAGTAGTGGTATTAATGTCTACTTCTCAGA-TTTCTCGATATGTTCACTGAAGTTTGAATTTCTCGTTCTCGCGCCAAAACGCCCTTTTTACCTTCAGATTGATTTTCCACTGGGAAGACCCTACTGTAATTAGTCGTTACCCATTAATACGTATCTTGTGACTTTCCAAGGCCTTCTAGATAAATATATCCTCAATTAGGGCTTGGTTTTCCGCCT-TGCCGGTATAAAATAC] [+] EMBL CD080171 [CTCGAGGGCCAAAATTCGGCACGAGGTGAACCTGACT ACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGAGCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATGGTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCACGTTTTACAAGTGCGATTGTTGGGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAGCTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACT CTTCGTCATAGTACTGGTATTAATGTCTACTTCTCAGA TTTCTCGATATGTTCACTGAAGTTTGAATTTCTCGTTCTCGCGCCAAAACGCCCTTTTTACCTTCAGATTGATTTTCCACTGGGAAGACCCTACTGTAATTAGTCGTTACCCATTAATACGTATCTTGTGACTTTCCAAGGCCTTCTAGATAAATATATCCTCAATTAGGGCTTGGTTTTCCGCCT TGCCGGTATAAAATAC] [+] EMBL CD080800 [ aatatgngcCGAGGTGACCCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGTTTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGAGCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATGGTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTTGNGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAGCTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTCCTTCGTCATAGTAGTGGTATTAATGTCTACTTCTCAGATTTTCTGGATATGTNCACTGAAAGTTGAATTTCTCGTTCTCGCGCCAAAACG CCATTTTACCTTCAGA TGTATTTCCACTGGGAGGA CCTACTGTCATTAGTCG TA CCGTTTATACGTATNCTG GACGTTCCAGGGNC TCTA TGAGATTTATGCTC AGTAGGGC TGGNTTTCGGGCTCTG CTGTATgattac ] [+] EMBL CD194885 [ GAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGAGCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATGGTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTT GGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGA ] [+] EMBL CD131204 [ CGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTTTTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGTCGACGAATCGGCCCGGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAAATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTTTCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTT GGTGGTGGTCAAATAATTAATTCTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATTAACCAGCTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTCCTTCGTCATAGTAGTGGTATTA ] consensusID : consensus_9748#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 7 consensus length = 602 fasta sequence [GGAGTACGTGTTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTA-TCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTA-AAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTA] [+] EMBL CD115232 [GGAGTACGTGTTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATATCATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAGGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAGCCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATNTATAATGTTA TCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTA AAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTA] [+] EMBL CD126514 [ TTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAAAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAAAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTA TCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTA AAGTCATCACTTAACATTA ] [+] EMBL CD166274 [ TTATTAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGAAATTTATAATGTTA TCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGACACTAGGCCGTCTTTA A ] [+] EMBL CD126524 [ TTATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAGGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAAAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATA ] [-] EMBL CD063752 [ TATGAAAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAGGACCAAATCACTTATCACTGGTAACTGGGATGCATGAAGAGGGTCATGGTATTGTTGATAACATGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCACAGTCAAAGTGGTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAAATCAACGTCATGGTCATAAAAGTGCTGTTACATTTTGGCCAGGGAGTAATACACCATTCAAAGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATAG ] [+] EMBL CD126451 [ tccccGGACAATTACCTAGTTATTATTATTCACAATACAACCATCAACTTCCTTTAGTTGATCGAATTAATCAAACTATTAAGTTGTTAGATTTAGATA ] [-] EMBL CD166763 [ TATTAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGACACTCGGTCTAATATATTTTCATGAACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCTGATTCTATTGGAATTTATAATGTTAGTCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTATCCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTATAAGTCATCACTTTACATTATT ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_9748#0 CTCGAGGGCCAAAATTCGGCACGAGGTGAACCTGACTACAGGGTCATTTGACTGGACCTG 60 consensus_9748#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9748#0 ATTCTATTGAAATTTATAATGTTATCGAGAAGTTAAATGATGATATCGGGTACTTACTAT 120 consensus_9748#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9748#0 CCTTAATTGATACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCACTTAACATTATTTTAACAAGCGATC 180 consensus_9748#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9748#0 ATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTATTCTGCATGATTATATAAACGAGA 240 consensus_9748#1 ---------------------------------------------------------GGA 3 ** consensus_9748#0 GCATGTATTATAGTCCGGGGTCAGAGGATCGTATTTTTTGGTCATTATGGCCAAAAGATG 300 consensus_9748#1 GTACGTGTTATGA--AAGTACATAATGAGTTTATTACTCGAACAG---GACCAAA----- 53 * * ** **** * * ** **** * * ** * ***** consensus_9748#0 GTAGCTCATCTATTGATCTCTACAAGAAGCTGGTCGGAAAACATCCAAAAATGAATGTTT 360 consensus_9748#1 -TCACTTATC-ACTGGTAACTG--GGATGCATGAAGAGAGTCATGGTATTGTTGATAACA 109 * ** *** * ** * ** ** ** * * * *** * * ** consensus_9748#0 TTCTGAAGGATAATATACCTATTCATTTGCACTACTCGAACAGT-CGACGAATCGGCC-C 418 consensus_9748#1 TGTTTTATGATCCTAAGCTTAATGATACTTTTGACTTGAGTAATACAAGGCATTTATCAC 169 * * * *** ** * ** * ** *** ** * * * * * ** * * consensus_9748#0 GGTAGTTGTGTATTCGGAGCCTGGATGGACAATCGTTAGATCACAAAAATCAGTTGCAAA 478 consensus_9748#1 AGTCAAAGTG-GTTTGATGTTGGGTCAGAACCAATTTGGGTTACAA--ATCAACGTCATG 226 ** *** ** * * ** ** ** * * **** **** ** consensus_9748#0 ATTTACTAAACGTGGAGATCATGGCTATGATCCGGACCATGATGAAATGTCTCCATTCTT 538 consensus_9748#1 GTCA--TAAAAGTG-------CTGTTAC-ATTTTGGCCAGGGAGTAATA-CACCATTC-- 273 * **** *** * ** ** * *** * * *** * ****** consensus_9748#0 TCTAGCTACGGGACCAGGTTTTAGAAGTGCGATTGTTGGGTGGTGGTCAAATAATTAATT 598 consensus_9748#1 -------AAAGGAC--AATTACCTAGTTATTATTATTCA----CAATACAACCATCAACT 320 * **** ** * * *** ** * ** ** ** * consensus_9748#0 CTATTTATCTGATTGATATTTATCCACTGATGTGTGCCTTACTCAATTTAAATAAACCAG 658 consensus_9748#1 TCCTTTAGTTGATCGA-ATTAATCAAACTAT---TAAGTTGTTAGATTTAGATAGAGTGA 376 **** **** ** *** *** * ** * ** * ***** *** * consensus_9748#0 CTCCAAACAATGGCAGTTTATCACGTGTGATGTCACTC-CTTCGTCATAGTAGTGGTATT 717 consensus_9748#1 CACTCGGTC-TAATATATTTTCATG---AACCTGACTCACAGGGTCATTTGACTGGACCT 432 * * * * ** *** * * * **** * ***** * *** * consensus_9748#0 AATGTCTACTTCTCAGATTTCTCGATATGTTCACTGAAGTTTGAATTTCTCGTTCTCGCG 777 consensus_9748#1 GAT-TCTATTG---AAATTTATA---ATGTTATCGAGAAGTTAAATG----------ATG 475 ** **** * * **** * ***** * * ** *** * consensus_9748#0 CCAAAACGCCCTTTTTACCTTCAGATTGATTTTCCACTGGGAAGACCCTACTGTAATTAG 837 consensus_9748#1 ATATCGGGTACTTACTATCCTTA-ATTGAT-----ACTAGGCCGTCTTTAAAGTCATCAC 529 * * *** ** * * * ****** *** ** * * ** ** ** * consensus_9748#0 TCGTTACC-CATTAATACGT-ATCTTGTGACTTTCCAAG-GCCTTCTAGATAAATA--TA 892 consensus_9748#1 TTAACATTATTTTAACAAGCGATCATGGGATGTCTGGAGTGGATACTAAGAGAATAATTA 589 * * **** * * *** ** ** * ** * * *** **** ** consensus_9748#0 TCCTCAATTAGGGCTTGGTTTTCCGCCTTGCCGGTATAAAATAC 936 consensus_9748#1 TTCTGCATGATTA------------------------------- 602 * ** ** * |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||