[BiO BB] Algoritmos de modelado molecular con UFF

[Miguel Pignatelli]

Hola a todos,

Estamos intentando hacer un programa en C que calcule la energia de una molecula a partir de las (coordenadas cartesianas X,Y,Z) de los átomos que la componen. Para ello tenemos como datos de partida cada atomo y sus coordenadas en el espacio. Hemos pensado realizar la aplicacion con los Universal Force Fields (UFF) descritos por Rappé. A partir de los datos de energía calculados se le aplicará algoritmos de minimización de energía basada en gradientes conjugados.
 
No tengo tanta experiencia en programacion en C como para tener claro como abordar todos los aspectos computacionales. Tengo dudas sobre todo en qué tipo de estructuras de datos utilizar en la aplicación (debe correr rápido y eficientemetne). He estado ojeando programas para sacar ideas de como empezar (como Gromacs) pero los que he encontrado que realizan aproximaciones con UFF son de pago o no te dan el codigo fuente.
 
¿Alguien sabe donde puedo encontrar algoritmos que utilicen las Universal Force Fields o algo parecido?
El programa sólo sabra de átomos y coordenadas asi que tendra que determinar qué atomos estan unidos entre si analizando sus distancias ¿conoceis algun algoritmo que haga esto de forma eficiente?
¿Que tipo de estructura de datos creeis que es más apropiadas para manejar? 
¿Alguna sugerencia de como abordar el problema antes de empezar?
¿Algún programa donde echar un ojo?

Gracias de antemano!

Miguel
   
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