[ TPE: La perception des couleurs par l'oeil | Carnet de bord de Per Einar | Carnet de bord de Haiba ]
Le carnet de bord de Per Einar Ellefsen, 1ère S3, pour le TPE de l'année 2001-2002, sur la Perception des couleurs par l'oeil.
Octobre 2001
Novembre 2001
Decembre 2001
Janvier 2002
Mardi 27 Novembre
J'ai passé 2h a lire:
Cahiers de Sciences et Vie encore. Conclusion: ne répond pas assez aux questions scientifiques. N'apporte vraiment pas assez d'informations.
Encyclopédie Universalis - Vision(Physiologie). Est encore une fois tres intéressant; les pages 704-705 sont pleines d'informations complètes sur la photoisomérisation et ses conséquences.
On a appris qu'on devra passer le 7 février. Ça nous laisse moins de temps que prévu, on s'attendait plutot à passer vers la fin mars. Mais bon, on se débrouillera. On a demandé a M. Le Floch pour la salle informatique; ce n'est pas sur qu'il soit possible de s'en servir. Sinon, il nous a montré sa maquette d'oeil, qui nous aidera beaucoup pour notre exposé oral.
Dans l'après-midi: du travail sur la partie Rhodopsine pour passer en Iodopsine.
Lundi 26 Novembre
Cours de TPE.
Suite de l'étude de l'article dans l'Encyclopédie Universalis.
Vendredi 22 Novembre
3h au CDI.
Définition de la problématique: Comment est constitué l'oeil? Quels sont les mécanismes qui nous permettent de percevoir le monde extérieur en couleurs? Pourquoi certaines personnes ne perçoivent elles pas les couleurs comme nous?, questions auxquelles nous répondrons dans notre TPE.
Recherches dans l'Encyclopédie Universalis. Sur la Vision (Physiologie)(pages 702-716, dans le tome ???), il y a beaucoup d'informations susceptibles à nous intéresser; nous avons photocopié ces pages là et continué à les étudier.
On a imprimé un site très intéressant sur lequel on était tombé avant: Vision. Il décrit en détail, et a des bons schémas explicatifs.
Mais l'étude de ce site soulève un autre problème: celui du nom de la rhodopsine chez les cônes. En fait, beaucoup de pages parlent du "pigment des cônes", de la "rhodopsine des cônes", etc, mais sans beaucoup de précision (à du manque de recherches sur les cônes). Ici, ils parlent de "iodopsine". On a donc décidé d'adopter le terme "iodopsine" dans notre exposé, et préciser que c'est l'équivalent de la rhodopsine chez les bâtonnets.
Mercredi 21 Novembre
Suite de la lecture de Cahiers de Science et Vie; c'est intéressant, mais il faut passer par trop d'étapes historiques avant d'arriver à une conclusion.
Mardi 20 Novembre
1h passée à corriger ou modifier des aspects dans la partie sur les cônes.
Après-midi: début de la lecture de Cahiers de Sciences et Vie sur les recherches sur la lumière et recherche d'un schéma sur la rétine. Initialement, j'avais pris celui-ci, mais il était trop difficile à manier, finalement, j'en ai trouvé un bon, sur un site allemand.
Lundi 19 Novembre
pas cours de TPE.
Examination de La famille des récepteurs couplés aux protéines-G. Interessant coté rhodopsine, pourra être utile pour partie rhodopsine et aussi partie sur ce qui se passe réellement.
Dimanche 18 Novembre
Lecture de "Système visuel" à Etudiant-en-médecine. Surtout des points intéressants précisant les différentes couches cellulaires de la rétine.
Ensuite, basé sur ceci, des corrections dans la partie Ib.
Samedi 17 Novembre
Création de la page d'accueil du site. Le site parait maintenant comme plus complet et est accessible ici: http://bioinformatics.org/oeil-couleur/.
Vendredi 16 Novembre
3 heures de travail au CDI.
Corrections et additions, surtout dans la partie sur la rhodopsine.
Lecture plus précise de l'article sur la vitamine A de Pharmacorama.
On a pensé au fait qu'il faudrait peut-être penser un peu à une problématique.
Le soir, modifications apportées ont été recopiées, accompagné de recherches pour certaines petites définitions comme "lipide" et "héméralopie", et examination de la représentation 3D du rétinal enfin d'établir sa structure moléculaire.
Lundi 12 Novembre
Quelques petites recherches sur le rétinal et la rhodopsine.
Quelques bons schémas ici, quoique l'information soit en néerlandais.
Informations intéressantes sur la rhodopsine ici et ici (en fait, ce sont les 2 mêmes cours sur la rhodopsine).
Sur Pharmacorama, beaucoup de choses intéressantes sur le rétinal, le rétinol (vitamine A) etc.
J'ai mis au point un programme afin de faciliter la génération du dossier. Il peut maintenant toujours être trouvé dans sa version la plus récente ici sur notre site, et sera bientôt accompagné par une page de garde du site avec plus d'informations.
Dimanche 11 Novembre
Modifications apportées aux parties Ib) et d) ont été recopiées.
Vendredi 9 Novembre
Encore quelques corrections sur les parties Ib et Id.
Récupération de la vraie molécule de rétinal en format RasMol. Celle que j'avais trouvée avant était du rétinal deshydrogénase.
Jeudi 8 Novembre
Corrections dans la partie Ib (la rétine). N'ont pas encore été mises sur ordinateur.
Mercredi 7 Novembre
Le guide est terminé: disponible ici sur le serveur FTP.
La page book.sgml a été créée, donnant la structure du dossier, avec la séparation en chapitres. Test de génération de ce qu'on a jusque maintenant: ça donne bien.
Tomaz Amon a encore répondu, donnant quelques informations sur des programmes pour faire du 3D nous-même, et a dit qu'il comprenait le français, et aimerait bien lire notre dossier une fois terminé.
Mardi 6 Novembre
Elaboration du guide d'utilisation pour le TPE(les differents outils a installer, le format DocBook, etc). N'est pas encore termine.
Lundi 5 Novembre
Recherches ultérieures visant à mieux comprendre DocBook.
Tomaz Amon a répondu! Réponse très positive: il nous a dit qu'il était biologiste travaillant sur des projets visant à faciliter l'éducation en biologie par Internet. En plus, il nous enverra un CD qu'il a participé à créer sur des modèles 3d de parties du corps humain!
Dimanche 4 Novembre
Travail du samedi a été recopié sur ordinateur, et j'ai continué cette partie sur la rhodopsine.
Recherches pour essayer de trouver quelques idées pour la présentation: j'ai essayé de trouver des modèles 3d de l'oeil. Site intéressant: BioAnim, par un certain Tomaz Amon, qui contient une représentation 3d de l'oeil et d'autres structures biologiques. J'ai envoyé un e-mail a Tomaz Amon pour lui demande s'il pouvait aider.
Samedi 3 Novembre
J'ai commencé la partie I d sur la rhodopsine(les 3/4 sont prets).
Plusieurs heures sur internet afin de trouver une facon de convertir les documents au format DocBook en HTML: trouver des outils pour windows semble difficile.
Vendredi 2 Novembre
J'ai recopié la partie Ib sur La rétine sur ordinateur.
J'ai pu créer un compte sur Bioinformatics.org - The Open Lab. En effet, j'avais essayé sur Sourceforge, mais ils ont refusé, mais sur Bioinformatics.org ils ont autorisé notre projet: allez le voir. Sur ce site on pourra avoir une base des documents en CVS, qui nous permettra de travailler sur le même document en meme temps, et CVS pourra prendre les changements chez chacun et les remettre dans un seul document central. De plus, ceci nous permettra d'avoir par exemple nos documents en format Docbook, puis d'avoir un automatisme de publication sur Internet chaque jour.
J'ai recu une partie d'un livre sur l'oeil de ma tante. Il est en suédois, mais je pourrais voir si quelquechose là-dedans nous intéresse.
Recherches sur le site de l'institut Pasteur, sans résultat.
Jeudi 1er Novembre
J'ai terminé le Cours de Physiologie en Anglais - La Vision (p. 11-32): énormément d'information, plusieurs parties dont on n'a pas besoin, mais sinon beaucoup de détail dans tous les domaines.
Rédaction de la partie I b. N'est bien sûr pas une version définitive. peut être beaucoup amélioré.
Le carnet de bord est online!
Mercredi 31 octobre
Pour préparer la rédaction, j'ai surligné les parties importantes dans les Sciences et Vie Hors-Série n. 216 sur la rétine et la rhodopsine.
Lundi 29 octobre
J'avais besoin du Sciences et Vie Hors-Série n. 216, donc je l'ai acheté. J'ai aussi trouvé un Cahier de Sciences et Vie sur la lumière, mais il parle surtout d'histoire, et n'est donc pas très intéressant.
J'ai terminé les pages de l'ULB (p. 24-49): points intéressants sur le daltonisme, les amétropies et la trivariance visuelle.
J'ai commencé le Cours de physiologie en Anglais - La Vision, pages 1-11: anatomie, photorécepteurs, détails abondants sur la photoisomérisation.
Dimanche 28 octobre
J'ai examiné avec précision les 24 premières pages de La Lumière et la Vue. Énormément d'informations, sur le plan anatomique et aussi un peu sur la photoisomérisation et le message nerveux. Mais il comprend aussi des parties trop compliquées, concernant la radiométrie/photométrie etc.
L'article du Monde: n'est bien sûr pas très détaillé, mais comprend quelques touches historiques intéressantes.
Vendredi 26 octobre
3h au CDI.
examination plus précise de:
Optique - Vision - 8. Les cellules photoreceptrices de l'oeil: intéressant pour beaucoup de parties du plan. Sauf côté nerveux qu'on croyait y être présent initialement.
Persistance des impressions lumineuses sur la rétine: réaction chimique.
La creation de L'Univers, de Harun Yahya: trop rapide, mais intéressant sur le côté longueurs d'onde.
On a terminé le plan, afin de pouvoir commencer à rédiger les parties faciles. Le voici:
I L'oeil
a) Anatomie de l'oeil
b) Cellules photosensibles et nerveuses - rétine - fovéa
c) cônes - la cellule - diversité
d) rhodopsine - moléculaire - rétinal, opsine, diversité
II La perception des couleurs
a) La lumière et longueur d'onde (photon)
b) réactions chimiques - rhodopsine (photoisomérisation)
c) segment externe -> synapses (si on a des informations)
d) acheminement jusqu'aux cellules ganglionnaires
III Un cas de perception anormale des couleurs: le daltonisme
a)la génétique de la perception des couleurs
b) le daltonisme
Bien sur, le plan sera peut-être modifié, mais c'est déjà un bon début.
Je vais rédiger le b) et d) du I.
Lundi 15 octobre
Cours de TPE en salle informatique. On a examiné plus précisément la "note 72". On commence à comprendre tout ça.
Après discussion avec les professeurs: il ne faut pas trop détailler cette chaîne de réactions. Plutôt parler de lumière comme photons. Aussi parler de l'isomérisation du 11-cis-rétinien (rétinal).
Début de petites recherches sur hyperpolarisation, dépolarisation (rien de précis).
Dimanche 14 octobre 2001
Haiba m'a envoyé sur un site intéressant: La fonction visuelle: colle bien à ce qu'on veut faire, et explique bien (bon schéma pour la réaction photochimique, mais explications peu approfondies).
J'ai trouvé le fichier de la rhodopsine pour RasMol. Pourra être intéressant. (ID = 1BAC dans la Protein Data Bank).
Vendredi 12 octobre 2001
3 heures (!) passées au CDI
On avance unpeu dans le plan. On essaye de réunir un peu nos idées pour la partie II: réactions au niveau rhodopsine, messages nerveux cônes -> cellules ganglionnaires.
Recherches sur Internet. But: comprendre réactions photochimiques dans les cônes (rhodopsine et ses variantes):
La creation de L'Univers, de Harun Yahya: plutôt général, mais not #72 explique très bien. Le plus précis jusque maintenant (mais très compliqué).
Optique - Vision - 8. Les cellules photoreceptrices de l'oeil: assez bien, surtout côté nerveux.
Persistance des impressions lumineuses sur la rétine: donne une idée de ce qui se passe avec le rétinal au moment de la perception (isomérisation).
Conclusion: les réactions photochimiques sont complexes, même trop. On ne pourra pas le traiter autant en détail que nous le croyions. Autre problème: on comptait sur ces réactions pour notre côté physique/chimie -> c'est plutôt de la biochimie, et le côté physique s'efface.
En 3e partie peut-être: daltonisme et génétique.
Uv est du à problème de transparence, Ir est du a incapacité des cônes de capter des longueurs d'onde > 400 nm.
Mardi 9 octobre 2001
1 heure de recherches au CDI
Dans Sciences et Vie: on commence à bien comprendre.
Début du plan. 1ere partie.
Photons: beaucoup trop compliqué.
Le Monde, Samedi 12 août 2000 - mais on n'a pas encore regardé l'article.
Vendredi 5 octobre 2001
Haiba était parti à Paris, j'ai passé 2 heures au CDI à commencer la lecture du Sciences et Vie Hors-Serie. Intéressant, mais pas énormément de détails sur ce qui se passe "vraiment" dans les cônes, à part quelques points majeurs sur rhodopsine etc...
Je pense qu'on pourra abandonner Ir/UV - ce n'est pas lié aux cônes, mais à un problème de transparence. intéressant ou non? on verra bien.
Objectif majeur pour le moment: définir le plan. Ça serait bien de commencer la rédaction vers début novembre.
Mardi 2 octobre 2001
Recherches dans archives de Pour la Science - peu de résultats. Uniquement: Dossier pour la Science n. 27 - Les couleurs. Traite en partie de la perception. (mais il reste à voir si ceci est intéressant).
Sinon, ceci m'a amené à Color and Vision Research Laboratories. Peut être intéressant, mais étude approfondie nécessaire pour bien comprendre ce qui s'y trouve.
Lundi 1er Octobre 2001
cours de TPE - recherches dans Pour la Science - aucun résultat.
Lundi 24 Septembre 2001
La documentaliste m'a informé d'une source d'informations intéressante, Sciences et Vie Hors-Série n. 216. Je l'ai feuilleté rapidement, et Haiba l'a acheté à une librairie. Il parlait de beaucoup d'aspects importants pour nos recherches, et nous sera précieux.
